Составление семейства гомологов с помощью PSI-BLSAT
С помощью сервиса PSI-BLAST представленного сервиром NCBI осуществили поиск семейства белков, к которыму принадлежит белок Q3SXS7. Для улучшения поиска порог E-value PSI-BLAST был изненен на 1е-6. Результат поиска представлен с таблице 1.
| Номер итерации | Число находок выше порога (1e-06) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 30 | XP_004484190.1 | 5,00E-007 | XP_002192624.2 | 6,00E-006 |
| 2 | 32 | XP_004484190.1 | 4,00E-009 | XP_002192624.2 | 3,00E-006 |
| 3 | 32 | XP_004484190.1 | 1,00E-008 | XP_002192624.2 | 2,00E-005 |
Табл. 1 Результат интераций PSI-BLAST
В результате поиска PSI-BLAST было найдено семейство белкок, к которым принадлежит данный белок. Множественное выравнивание этих белков представленно на рисунке 1.
Рис. 1 Участок множественное выравнивание белков с большой гомологией
Файл с множественным выравниванием в формате fasta