Доменная структура белка PLY_BACSU по данным Pfam
Схема из Pfam:
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов (по-русски! и желательно с кратким пояснением) | Положение в последовательности белка PLY_BACSU | Клан |
| 1 | PF00544 | Amb_allergen | Пектат лиаза-это фермент, который учствует в мацерации и гниении тканей растений. Ответственна за расщепление пектатов, в результате которого образуются олигосахариды с 4-deoxy-alpha-D-mann-4-enuronosyl группами в их non-reducing концах. Этот белок вызывает позднее созревании пыльцы. Было предположено, что экспрессия генов пектат лиазы может быть связана с необходимостью разрушения пектина во время роста пыльцевой трубки. | 133-345 | клан содержит 22 семейства |
Характеристики домена PF00544
Домен входит в 45 различных архитеркур.
Для 1509 белков известна последовательность.
Для 8 белков определена пространственная структура.
Частота встречаемости доменов в разных организмах по отдельности
| Таксон | PF00544 | PF03422 | |
| Эукариоты | Зеленые растения | 490 | 0 |
| Грибы | 301 | 22 | |
| Животные | 0 | 0 | |
| Остальные эукариоты | 70 | 3 | |
| Археи | 8 | 7 | |
| Бактерии | 638 | 428 | |
| Вирусы | 0 | 0 | |
Домен PF00544 распространен в зеленых растениях и грибах. Наибольшее распространение имеет в бактериях. В животных найден не был.
Домен PF03422 в отличии от доменна PF00544 не был найден в зеленных растениях, но так же как и PF00544 весьма распространен в бактериях
Сравнение описание мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro
В InterPro интегрированы следующие подписи: Pectin lyase fold/virulence factor, Pectin lyase fold, Pectate lyase/Amb allergen. Самый короткий мотив называется Pectate lyase/Amb allergen. Описан в банке Pfam. Самый длинный мотив называется Pectin lease fold/virulence factor. Описан в банке SUPERFAMILY. Для PLY_BACSU приведены структурные домены из таких банков как: SUPERFAMILY, GENE3D, SMART и Pfam. Границы этих доменов в банке Pfam укорочены по краям.
