Знаконство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRS
Cписок хромосом Saccharomyces cerevisiae
| RefSeq_DNA (release) | Accession | Description | SeqLength |
| REFSEQ_DNA:NC_001133 | NC_001133 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. | 230218 |
| REFSEQ_DNA:NC_001134 | NC_001134 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. | 813184 |
| REFSEQ_DNA:NC_001135 | NC_001135 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. | 316620 |
| REFSEQ_DNA:NC_001136 | NC_001136 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. | 1531933 |
| REFSEQ_DNA:NC_001137 | NC_001137 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. | 576874 |
| REFSEQ_DNA:NC_001138 | NC_001138 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. | 270161 |
| REFSEQ_DNA:NC_001139 | NC_001139 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. | 1090940 |
| REFSEQ_DNA:NC_001140 | NC_001140 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. | 562643 |
| REFSEQ_DNA:NC_001141 | NC_001141 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. | 439888 |
| REFSEQ_DNA:NC_001142 | NC_001142 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. | 745751 |
| REFSEQ_DNA:NC_001143 | NC_001143 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. | 666816 |
| REFSEQ_DNA:NC_001144 | NC_001144 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. | 1078177 |
| REFSEQ_DNA:NC_001145 | NC_001145 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. | 924431 |
| REFSEQ_DNA:NC_001146 | NC_001146 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. | 784333 |
| REFSEQ_DNA:NC_001147 | NC_001147 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. | 1091291 |
| REFSEQ_DNA:NC_001148 | NC_001148 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. | 948066 |
Информация о данной хромосоме №9
| Длина | Количество генов | Количество генов тРНК |
| 439888 | 232 | 10 |
Примеры генов
| Ген | координаты (CDS) | |
| ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов | VTH1 | 11492..16141 |
| координаты (CDS)ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов | PAU14 | complement(8793..9155) |
| ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон | RPL40A | join(68708..68715,69150..69528) |
| ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон | RPL16A | complement(join(98527..99095,99386..99416)) |
Получение последовательности, кодирующей заданный белок
Для того, чтобы определить последовательность, кодирующую белок PLY_BACSU, используем команду entret sw:P39116 (P39116 - идентификатор белка) и получаем AC данного белка в EMBL:
AC EMBL: X74880
Используя команду entret embl: X74880 определяем ориентацию и границы гена:
205..1467
Далее при помощи програмы segret -sask находим нужный нам фрагмент последовательности ДНК:
>X74880 X74880.1 B.subtilis pel gene for pectate lyase atgaaaaaagtgatgttagctacggctttgtttttaggattgactccagctggcgcgaac gcagctgatttaggccaccagacgttgggatccaatgatggctggggcgcgtactcgacc ggcacgacaggcggatcaaaagcatcctcctcaaatgtgtataccgtcagcaacagaaac cagcttgtctcggcattagggaaggaaacgaacacaacgccaaaaatcatttatatcaag ggaacgattgacatgaacgtggatgacaatctgaagccgcttggcctaaatgactataaa gatccggagtatgatttggacaaatatttgaaagcctatgatcctagcacatggggcaaa aaagagccgtcgggaacacaagaagaagcgagagcacgctctcagaaaaaccaaaaagca cgggtcatggtggatatccctgcaaacacgacgatcgtcggttcagggactaacgctaaa gtcgtgggaggaaacttccaaatcaagagtgataacgtcattattcgcaacattgaattc caggatgcctatgactattttccgcaatgggatccgactgacggaagctcagggaactgg aactcacaatacgacaacatcacgataaacggcggcacacacatctggattgatcactgt acatttaatgacggttcgcgtccggacagcacatcaccgaaatattatggaagaaaatat cagcaccatgacggccaaacggatgcttccaacggtgctaactatatcacgatgtcctac aactattatcacgatcatgataaaagctccattttcggatcaagtgacagcaaaacctcc gatgacggcaaattaaaaattacgctgcatcataaccgctataaaaatattgtccagcgc gcgccgagagtccgcttcgggcaagtgcacgtatacaacaactattatgaaggaagcaca agctcttcaagttatccttttagctatgcatggggaatcggaaagtcatctaaaatctat gcccaaaacaatgtcattgacgtaccgggactgtcagctgctaaaacgatcagcgtattc agcgggggaacggctttatatgactccggcacgttgctgaacggcacacagatcaacgca tcggctgcaaacgggctgagctcttctgtcggctggacgccgtctctgcatggatcgatt gatgcttctgctaatgtgaaatcaaatgttataaatcaagcgggtgcgggtaaattaaat taa