Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности
Использовалась последовательность №8:
tgctaaatactacaagctttcgcgttctgaaatactaggtaaaagtagaagaaaagatgt ggttttagctagacatatagctatttgaattgttaaaaagcaattagacttatcactgga acaaattgggaagttttttggcaatagagaccactctaccattattaatgctgttagaaa aattgagaaagaaacagagcaatctgatagaacatttaagagaactatttctgaaataag caacgagatttttaagaaaagttaacattttaaaaaacatttataaacataatgttttct
Используя программу megablast, определили организм, которому соответствует данная последовательность, состоящая из 300 нуклеотидов.
Результаты представленны в таблице.
| Организм | AC из RefSeq | Координаты | Кодирующая |
| Mycoplasma bovis | NC_014760.1 | 1145-1444 | нет |
Поиск гомолога белка человека в слоне
Был выбран белок с идентификатором: EWS_HUMAN
Последовательность выбранного белка:
>EWS_HUMAN Q01844 RNA-binding protein EWS (EWS oncogene) (Ewing sarcoma breakpoint region 1 protein) MASTDYSTYSQAAAQQGYSAYTAQPTQGYAQTTQAYGQQSYGTYGQPTDVSYTQAQTTAT YGQTAYATSYGQPPTGYTTPTAPQAYSQPVQGYGTGAYDTTTATVTTTQASYAAQSAYGT QPAYPAYGQQPAATAPTRPQDGNKPTETSQPQSSTGGYNQPSLGYGQSNYSYPQVPGSYP MQPVTAPPSYPPTSYSSTQPTSYDQSSYSQQNTYGQPSSYGQQSSYGQQSSYGQQPPTSY PPQTGSYSQAPSQYSQQSSSYGQQSSFRQDHPSSMGVYGQESGGFSGPGENRSMSGPDNR GRGRGGFDRGGMSRGGRGGGRGGMGSAGERGGFNKPGGPMDEGPDLDLGPPVDPDEDSDN SAIYVQGLNDSVTLDDLADFFKQCGVVKMNKRTGQPMIHIYLDKETGKPKGDATVSYEDP PTAKAAVEWFDGKDFQGSKLKVSLARKKPPMNSMRGGLPPREGRGMPPPLRGGPGGPGGP GGPMGRMGGRGGDRGGFPPRGPRGSRGNPSGGGNVQHRAGDWQCPNPGCGNQNFAWRTEC NQCKAPKPEGFLPPPFPPPGGDRGRGGPGGMRGGRGGLMDRGGPGGMFRGGRGGDRGGFR GGRGMDRGGFGGGRRGGPGGPPGPLMEQMGGRRGGRGGPGKMDKGEHRQERRDRPY
Было найдено 12 выравниваний. Из них было выбрано лучшее.
Информация о лучшей находке представленна в таблице ниже.
| e-value | Длина | Идентичность | Координаты | Кол-во интронов |
| 0 | 27816 | 98% | 5439261-5411446 | 14 |
Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST
Для работы была дана бактерия Kytococcus sedentarius. В ее геноме была выбрана последовательность Ile-тРНК, предсавленная ниже:
GGGCCTATAG CTCAGTCGGT TAGAGCGCTG TCCTGATAAG ACAGAGGTCA CTGGTTCAAG TCCAGTTAGG CCCACCC
Данная бактерия относится к порядку: Actinomycetales.
Далее проводился поиск в BLAST с различными алгоритмами данной последовательности в геномах бактерий порядка Actinomycetales. Разультаты поиска приведены в таблице ниже.
| Алгоритм | Всего найдено |
| megablast | 68 |
| blastn | 283 |
| blastn с длиной слова=7, match/mismatch = 1/-1 | 339 |
Как и следовало ожидать, в поиске с алгоритмом megablast мы получили меньше последовательностей. Это произошло так megablast ищет очень сходные последовательности.