Программа getorf пакета EMBOSS

При помощи команды entret embl:d89965 был получен файл с записью из банка ЕМВL. Запись содержит последовательность мРНК.

Далее при помощи коменды getorf -minsize 30 -table 0 -find 1 d89965.entret был получен список открытых рамок считывания данной последовательности, которые удавлетворяют данным условиям (длинна не менее 30 а/о; начинаются со старт-кодона и заканчивабтся стоп-кодоном).

Последовательность под номером 3 совпадает с записью в ЕМВL. Данная запись приводит нас к записи P0A7B8 в SwissProt.

Но эта запись так же частично совпадает с последовательность номер 5.

Из этого следует что два разным по таксономии организма имебт одинаковые белки.

Объяснить это можно тем, что банк EMBL архивный, а в SwissProt сохраняются только проверенные данные. Поэтому EMBL мог сохранить ошибочные данные.

Файлы-списки

При помощи программ пакета EMBOSS было:

  • скаченно в файл в fasta-формате все доступные в Swissprot последовательности алкогольдегидрогеназ.
  • получен файл с универсальными адресами этих пользователей
  • при помощи команды grep list.txt -f org.txt > select_org.txt получен меньший файл, с адресами только тех последовательностей, которые взяты из данных мне организмов
  • при помощи команты seqret @select_org.txt total.fasta получен файл с последовательностями алкогольдегидрогеназ данных мне организмов в fasta-формате

    • EnsEMBL

    Для исследования был выбран ген EWS_HUMAN.

    В ходе работы, был получен экзон данного гена:

    AGAGCCAGCGGACGGAACCATTCCAAACAGCCTAGTCTCGTGCTGAGAGCCTCTCCGGTT
TCACGCTGAGACCCGCTCACCCCCGCTCTGGCCCCTTAGATGCTATTTTGGCCCGAGTGT
CACGTCGGGCGCTCTTTAGAGAGGACTGGGACAAGAGTTGCGGACGCGAAGAACGAGTAA
GCGGTGGTTCATCCCTCCTGACCCCACCCCCGTGGCCTGGCCCGATGGTCGCGCCCGGGG
TTGCGAGATTTGCGCCTGCGCAGTGCGGCGCCTAGAGGGAAAGCGAGAGGGAGACGGACG
TTGAGAGAACGAGGAGGAAGGAGAGAAAATGGCGTCCACGG

    При помощи сервеса "BLAST/BLAT" было найдено место расположение данного экзона в хромосоме.

    Используя ссылку ContigView, можно перейти на страницу с изображением расположения экзона.

    Еще на портале у нас есть возможность построения генетических деревьев, что облегчает поиск близкородственных организмов.