Построение филогенетического дерева

Я переименовала последовательности. Теперь имена последовательностей имеют вид: (порядковый номер домена в архитектуре)_(chord, ecdys, platy, porif)_proteinAC Я воспользовалась алгоритмами Neighbour-Joining (без укоренения и без молекулярных часов) и UPGMA (с укоренением и молекулярными часами) и построила два дерева. Желтым и зеленым на деревьях окрашены две разные архитектуры. (Рисунки 3 и 4)

Рисунок 3. Дерево, построенное методом Neighbour-Joining
Рисунок 4. Дерево, построенное методом UPGMA
скобочная формула
скобочная формула

Оба метода разделили последовательности на две большие клады - на две архитектуры. Похоже, обособление этих двух архитектур произошло очень рано.