Укоренение в среднюю точку
В прошлом задание мы получили деревья укорененные при помощи Neighbour joining. В данном практикуме обработаем эти деревья при помощи программы retree. Получим укоренные деревья, представленные ниже.
Укоренение дерева произошло в ветвь LACDA, что отличается отукоренения в правильном дереве. Структура дерева близка к структуре правильного дерева, но имеет небольшие различия. Например белки LISMO и ENTFA не объеденены в общую кладу.
Использование внешней группы
Деревья, полученный методом максимальной экономии, нельзя укоренить. Поэтому для их укоренения применяют метод, который заключается в добавлении внешней группы (в нашем случае E.coli) и последующего ручного укоренения в ветвь с этой группой. На рис. 2 показан результат такого укоренения
Укоренение произошло в ветвь LACDA, что не соответствует укоренению на правильном дереве. Так же белки LACDA и ENTFA не объеденены в общую кладу и вообще находятся далеко друг от друга.
Бутстрэп
Также программа Mega позволяет провести бутстрэп анализ. Результат, полученный после такого анализа, приведен на рис.3.
Правильное дерево представлено ниже
Результат полностью совпадает с оригинальным деревом, представленым на рис.4. Получившиеся при таком анализе дерево отличается от правильного. В правильном дереве в отличии от получившегося белки LACDA и ENTFA объеденены в общую кладу. На получившимся дереве ветви с этими белками не имеют поддерки. Но те ветви, которые на получившемся дереве, не отличаются от ветвей на правильном имееют достаточно хорошую поддержку.