Классификация ферментов (ЕС)
Сбор информации о своем ферменте
Мне был дан фермент человека и идентификатором UniProt: Q8TCB7.
Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Рrot?
Для того чтобы узнать количество ферментов с близкими к моему ферменту функциями, нужно воспользоваться сервисом SRS.
| ЕС-код | Кол-во ферментов человека в Swiss-Рrot |
| 2.*.*.* | 4798 |
| 2.1.*.* | 101 |
| 2.1.1.* | 91 |
Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?
С помощью UniProt получим список всех белков Mus musculus из Swiss-Prot, у которых класс, подкласс и подподкласс классификации ЕС совпадает с таковыми у моего фермента. Полученные данные приведены в таблице ниже.
| ЕС 2. | ЕС 2.1 | ЕС 2.1.1 | |
| Уровень классификации | Класс | Подкласс | Подподкласс |
| Колличество белков | 1744 | 195 | 177 |
Результат полученный при поиске белков, у которых класс совпадает с моим ферментом, сохраним в виде двух файлов: в последовательности в Fasta-формате и в текстовая таблица, в которой против ID указан его полный ЕС код.
При помощи программы blastp, среди белков, найденных в предыдущем пункте, были найдены белки сходныее по последовательности с моим ферментом. Значение e-value было оставленно по умолчанию.
В результате работы программы было получено 14 выровненных последовательностей.
| ID записи | E-value | EC-код |
| Q8BVH9 | 0.0 | 2.1.1.- |
| Q8BMK1 | 3,00E-059 | 2.1.1.- |
| A2AUU0 | 7,00E-012 | 2.1.1.- |
| Q921L7 | 0.004 | 2.1.1.- |
| O55239 | 0.010 | 2.1.1.1 |
| Q9DD20 | 0.023 | 2.1.1.- |
| Q91WU5 | 0.058 | 2.1.1.137 |
| Q9D0D4 | 0.061 | 2.1.1.183 |
| Q8BG71 | 0.20 | 2.5.1.114 |
| A2ASS6 | 0.64 | 2.7.11.1 |
| P40936 | 0.73 | 2.1.1.49; 2.1.1.96 |
| Q8BMS4 | 1.1 | 2.1.1.114 |
| Q9DCL4 | 2.3 | 2.1.1.- |
| Q9CXI0 | 4.6 | 2.1.1.201 |