Выбор структуры белка
Для работы был выбран белок пектат лиаза (PDB ID 2О04, разрешение - 1.7 A), с которым я работала ранее. Было проверенно, что данный белок удовлетворяеет требованиям для далнейшей работы:
- Сервис EDS знает PDB-код, то есть для данной структуры в PDB доступна не только ее модель, но и экспериментальные данные.
- Для выбранного белка имеются подходящие структурные гомологи. Убеждаемся, что в таблице с находками не меньше 5 разных белков с RMSD от 0.8 до 3.0 ангстрем и N_align от 50 до 90% аминокислотных остатков входного белка. Было найденно 21 гомолог нашего белока, 6 из которых подходят нашим требованиям.
Изображение электронной плотности
Рисунок 1. Электронная плотность вокруг полипептидной цепи, 1.0 σ
Рисунок 2.Электронная плотность вокруг полипептидной цепи, 1.5 σ
Рисунок 3.Электронная плотность вокруг полипептидной цепи, 2.0 σ
Рисунок 4.Электронная плотность для аминокислотных остатков Val-His-Tyr, 1.0 σ
Рисунок 5.Электронная плотность для аминокислотных остатков Val-His-Tyr, 1.5 σ
Рисунок 6.Электронная плотность для аминокислотных остатков Val-His-Tyr, 2.0 σ