In [18]:
from xmlrpclib import ServerProxy
from IPython.display import Image
import os, sys
In [19]:
# pymol launching
import __main__
##__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]
## Если вывод в графическое окно тормозит или не нужен, то:
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]
import pymol
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd
## Информацию об ошибках можно смотреть там, где запускали iPython notebook
In [20]:
## Будем вставлять файлы изображений
from IPython.display import Image
In [46]:
cmd.fetch('1lmp')
cmd.do('''
reinit
bg_color white
remove solvent
extract ligands,het
as surface, 1lmp
set transparency,0.5
as sticks, ligands
show stick, byres(1lmp w. 4 of ligands)
center ligands
origin ligands
zoom ligands
dist hbo,1lmp,ligands,3.2,mode=2
select near_lig, 1lmp within 3.2 of ligands
label near_lig, resn,resi
color orange, ligands
ray
png pic1.png
''')
In [47]:
Image(filename='pic1.png')
Out[47]:
In [48]:
# Введем мутацию: заменим ASN 103 на Ala.
cmd.wizard("mutagenesis")
cmd.do("refresh_wizard")
cmd.get_wizard().set_mode("Ala")
cmd.get_wizard().do_select("103/")
cmd.get_wizard().apply()
cmd.wizard(None)
In [49]:
cmd.do('''
center ligands
origin ligands
zoom ligands
ray
png pic2.png
''')
In [50]:
Image(filename='pic2.png')
Out[50]:
In [43]:
%%bash
# Построение третичной структуры кубана на основе SMILES
echo "C12C3C4C1C5C4C3C25 cubane" > cubane.smi
obgen cubane.smi > cubane.mol
In [44]:
cmd.do('''
reinit
bg white
load cubane.mol
show spheres, all
set sphere_scale, 0.2
set valence, on
ray
png pic_cubane.png
''')
In [45]:
Image(filename='pic_cubane.png')
Out[45]:
In []: