Мембранные белки

Задание 1. Отнесение белка глицерол-3-фосфатдегидрогеназы из организма Xanthobacter autotrophicus к терминам GO.

Последовательность исходного белка

При помощи BLAST в базе данных AmiGO был найден белок, схожий с данным (E-value = 6.7e-119, Score = 936 (334.5 bits)) - 
аэробная глицерол-3-фосфатдегидрогеназа из Ruegeria pomeroyi. Оба организма принадлежат к группе альфапротеобактерий. 
При этом совпадений было не очень много - Identities = 196/412 (47%), Positives = 243/412 (58%).
Далее были получены данные об этом белке.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q5LVH0 (Q5LVH0_RUEPO).

		

			
Аспект
			
Идентификатор GO
    
			
Название термина
			
Перевод названия термина
			
Код типа достоверности
		
		

			
Биологический процесс
(Biological process)
			
GO:0006071
			
glycerol metabolic process
			
Метаболизм глицерина
			
ISS
		
		

			
Молекулярная функция
(Molecular function)
			
GO:0004368
			
glycerol-3-phosphate dehydrogenase activity
			
Глицерол-3-фосфатдегидрогеназная активность
			
ISS
		
	
 

Среди двух аспектов один "титульный", видимо основной или наиболее важный. Другой (метаболизм глицерина) описан очень нечетко.
При этом оба имеют высокий уровень достоверности, код ISS подразумевает ручную проверку.
Таблица 2. Значения кодов типов достоверностей.
	

		

			
Код типа достоверности
			
Расшифровка кода типа достоверности
			
Объяснение
		
		

			
ISS
			
Inferred from Sequence or Structural Similarity
			
Данный код или его субкатегории присваиваются, если данные основаны на анализе последовательности или структуры и
проверены человеком.
Субкатегории: 
	
ISA (Inferred from Sequence Alignment) -  основная часть доказательства получена с использованием выравнивания.
	
ISO (Inferred from Sequence Orthology) -  основная часть доказательства получена сравнением с известным ортологом.
	
ISM (Inferred from Sequence Model) - основная часть доказательства получена каким-либо методом моделирования сиквенса.
		
	

Затем бла рассмотрена информация о термине GO:0004368, глицерол-3-фосфатдегидрогеназная активности, по которой и назван фермент. Это, 
веротяно, самая интересная и важная информация о рассматриваемом ферменте, которую можно почерпнуть из GO.
Таблица 3. Основные свойства термина GO:0004368 (Glycerol-3-phosphate dehydrogenase activity, глицерол-3-фосфатдегидрогеназная активность)


		

			
Свойство
			
Значение
		
		

			
Идентификатор (Accession)
			
GO:0004368
		
		

			
Название (Name)
			
Глицерол-3-фосфатдегидрогеназная активность (Glycerol-3-phosphate dehydrogenase activity)
		
		

			
Аспект онтологии (Ontology)
			
Молекулярная функция(Molecular function)
		
		

			
Синонимы (Synonyms)
			

			
exact: FAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase (ФАД-зависимая глицерол-3-фосфатдегидрогеназа)

exact: flavin-linked glycerol-3-phosphate dehydrogenase (сопряженная с флавином глицерол-3-фосфатдегидрогеназа)

exact: glycerol-3-phosphate CoQ reductase (глицерол-3-фосфат КоQ редуктаза)

exact: glycerophosphate dehydrogenase activity (глицерофосфатдегидрогеназная активность)

exact: L-glycerophosphate dehydrogenase activity(L-глицерофосфатдегидрогеназная активность)

exact: sn-glycerol-3-phosphate dehydrogenase activity(sn-глицерол-3-фосфатдегидрогеназная активность)

exact: sn-glycerol-3-phosphate:quinone oxidoreductase activity(sn-глицерол-3-фосфат-хинондегидрогеназная активность)

			
		
		

			
Определение (Definition)
			
Катализирует реакцию sn-глицерол-3-фосфат + хинон = дигидроксиацетонфосфат + гидрохинон. Источник - EC:1.1.5.3 
		
		

			
Комментарий (Comment)
			
Ферменты класса EC:1.1.5.3 имеют несколько активностей, которые описаны на страницах GO:0004368, GO:0052590 и GO:0052591
		
		

			
Число родителей (из них - логически определённых)
			
5 (4)
		
		

			
Число потомков (из них - логически определённых)
			
1 (0)
		
	

Рис.1. Отношения термина GO:0004368 с родительскими терминами.
GO является полезным для редких или малоизученных терминов, а так же для создания единой системы для всех видов белковой активности,
но для некоторых ферментов данные кажутся очевидными. Фактически все полученные данные сводятся к схеме реакции и классу фермента. Особенно 
очевидным кажется стрелка "part of", которая указывает на "окислительно-восстановительные процессы", от которых стрелки "is a" ведут
к "биологическим процессам"- шире взять едва ли можно.

==============================================================================================================================================

Сайт находится в стадии разработки