Карты выравнивания хромосом рода Mycoplasma

Выбор последовательностей

Для семинара по молекулярной биологии я рассказывал про минимальный бактериальный геном, полученный из без того небольшого генома Mycoplasma mycoides. Для выполнения задания я выбрал ее единственную хромосому и хромосому ее родственницы - Mycoplasma capricolum. Сборки их хромосом NZ_CP054256.1 и NZ_CP101903.1 я нашел в NCBI Genome с помощью инструмента Genome Information by Organism.

Анализ результатов выравнивания

Рисунок 1.Карта выравнивания blastn
Рисунок 2.Карта выравнивания megablast

Как видно, результаты blastn и megablast похожи, но в результатах blastn явно видны серии повторов (NZ_CP054256.1 150K, 190K, 310K, 400K, 450K, 470K, 560-570K, 720K, 840K, 1100K). Тем не менее на обеих картинках вполне можно различить крупные эволюционные преобразования в геноме. Инсерции/делеции заметны на координатах NZ_CP054256.1 50K, 400K, 750K, 1150K. Крупный регион мелких транслокаций заметнен по координатам NZ_CP054256.1 100K-220K, крупные же инверсии и транслокации можно найти на координатах NZ_CP054256.1 220K-240K, 240K-300K, 300K-350K. Крупная инверсия видна на координатах NZ_CP054256.1 600-900K