Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса
Задание 1.
В этом задании мне предстояло исопльзовать разные программы для предсказания структуры РНК и сравнить предсказанные структуры с реально существующей в природе. Сколько я не пытался найти такие параметры для einverted, ничего вразумительнее полностью правильного акцепторного стебля она мне не выдала, так что оставил этот вывод для сравнения, программа ViennaRNA напротив приятно удивила красотой картинки предсказания. Результаты предсказания представляю в таблице:
| Участок структуры | Позиции в структуре | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | G1-A6 C70-U65 | G1-A6 C70-U65 | G1-U7 C70-G64 |
| D-стебель | G9-C11 C24-G22 | - | G9-C11 U19-G16 |
| T-стебель | C48-G52 G64-C60 | - | G43-G46 C55-C58 |
| Антикодоновый стебель | A25-U32 A43-A36 | - | G22-C24 G45-C47 + C26-A30 U38-G42 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 22 | 6 | 19 |
Задание 2.1
В этом упражнении мне надо было показать три набора атомов в ДНК, данной для анализа, собственно, на картинках представлены отдельные наборы, на гифке - все наборы поочередно.
Задание 2.2
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 6 | 137 | 143 |
| остатками фосфорной кислоты | 23 | 132 | 155 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 2 | 9 | 11 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 2 | 7 | 9 |
Для подсчета контактов я пользовался пользовательским скриптом для PyMol pairwisedistance.py. По-видимому контакты полярные контакты с азотистыми основаниями очень важны для взаимодействия, раз их положение и вид так схожи у двух субъединиц белка и раз их так мало.
Задание 3.3
Для этого задания я получил изображения всех контактов с ДНК в 1xbr.pdb. Представляю изображения ниже:
Задание 3.4
Из картинок левее видно, что самое интересное основание и по количеству взаимодействий и по их особенностям - Arg67. Показательно также то, что сцепляется этот остаток исключительно с гуанином. Картинка взаимодействия приведена ниже:
