Информация о сборке генома Bombus terrestris

Для дальнейших манипуляций я выбрал земляного шмеля - Bombus terrestris (buff-tailed bumblebee). Этот шмель - массовый вид дорогой моему сердцу средней полосы России, живет в бомбидариях под землей, пушист и мил. Его геном диплоиден, состоит из 18 пар хромосом.

Выбранная сборка - iyBomTerr1.2, была найдена по запросу Bombus в числе 42 различных сборок геномов различных шмелей. Для выбранного мной вида было 3 различных сборки разных уровней и уровней аннотации, из них я выбрал референсный геном Bombus terrestris. Уровень выбранной сборки: Chromosome, что значит, что сборка представляет собой набор цельных последовательностей хромосом. Как я уже и сказал, сборка является референсным геномом - образцом генома данного вида.

N50 - минимальная длина последовательности (скаффолда или контига) такая что, половина суммарной длины сборки содержится в последовательностях этой сборки, длина которых больше или равна значению N50

L50 - количество последовательностей сборки с длиной большей или равной N50

Рисунок 1. Bombus terrestris на Comarum palustre