Для выполнения практикума был выбран домен Peptide chain release factor, bacterial Class 1 (PCRF), AC PF03462 в базе данных Pfam, InterPro. Запись данного домена содержит 678 последовательностей seed, 81 структуры, 214 доменных архитектур. Большая часть белков (58959) с доменом Peptide chain release factor, bacterial Class 1 так же содержат домен RF-1 (AC PF00472); также представлены белки, имеющие или только PCRF (1195), или PCRF и другие домены (MFS-1, AAA-2 и др.)
Данный домен присутствует в факторах терминации трансляции RF-1, RF-2 бактерий (21998 видов), и митохондрий и пластид эукариотов (4088 видов). Факторы терминации трансляции это белки, распознающие стоп-кодоны в мРНК и позволяющие завершить процесс трансляции. Существует 2 класса, факторы первого связываются с А-сайтом рибосомы и высвобождают пептид, факторы второго типа выполняют вспомогательную роль, усиливая активность факторов первого типа [1].
| Информация | |
|---|---|
| AC pfam | PF03462 |
| ID pfam | PCRF |
| #SEED | 678 |
| #All | 23926 |
| #SW | 947 |
| #architectures | 214 |
| #3D | 81 |
| Taxonomy | |
| #eukaryota | 1195 |
| #archaea | 0 |
| #bacteria | 21998 |
| Информация | |
| Выравнивание seed | Число колонок - 309 Число последовательностей - 678 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Номера колонок:281-289 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 281:[DE], 283:G, 285:H, 289:R |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | Последовательности: 1-638, Колонки - 274-289 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 274:[AVLIM], 275:[FYW], 281:[DE], 283:G, 285:H, 289:R |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 76-92 |
| Информация | |
|---|---|
| доменная архитектура 1 | PF03462 - PF00472 |
| Белок с архитектурой 1 | P30775 |
| доменная архитпектура 2 | PF03462 |
| Белок с архитектурой 2 | Q98TM5 |
Карта локального сходства PF03462 и Q98TM5 свидетельствует о практически полной идентичности их последовательностей за исключением 5 участков с инделями (инсерции или делеции). О наличие инделей можно судить в соответствии с наличием гэпов в выравнивании их последовательностей: гэпы в участках около 140, 162 и 242 позиций PF03462 и 165 позиции Q98TM5. В PF03462 в отличие от Q98TM5 также присутствует участок с доменом RF-1 (PF00472), который соответственно не выровнялся на карте локального сходства.