Для поиска записи данного белка в UniProt был выполнен запрос в Advanced Search с указанием систематического положения бактерии (organism_id:580340). В результате было найдено 1854 записи, ноль из которых имели Annotation score 5/5 и двенадцать - 4/5. При введении дополнительного критерия о проверке белка (AND (reviewed:true)), было найдено 0 записей. Из предложенных вариантов был выбран белок с идентификатором G7V5Y6 (G7V5Y6_THELD) - кинурениназа, фермент, участвующий в метаболизме триптофана человека [1], в связи с её потенциалом в терапии нейродегенеративных заболеваний [2].
Кинурениназа — это цитоплазматический белок, катализирующий реакцию гидролитического разложения кинуренина, метаболита триптофана [1], на антраниловую кислоту и аланин, для работы которого требуется наличие кофактора пиридоксаль-5'-фосфата [3]. В Thermovirga lienii она участвует в биосинтезе NAD+ и деградации аминокислот [3], а в организме человека вовлечена во второстепенный путь катаболизма триптофана, интермедиатами которого являются циннабариновая кислота, агонист mGluR4, и кинурениновая кислота, агонист NMDA [2]. Агонистическая активность участников кинуренинового пути даёт основание [2] рассматривать кинурениназу как возможную цель для разработки альтернативного подхода в терапии болезни Альцгеймера помимо ингибиторов ацетилхолинэстеразы.
Через поиск по идентификатору белка (G7V5Y6) через ID mapping в кластарах UniRef100 был найден 1 результат, в UniRef90 - 2 результата, в UniRef50 - 3415 результата. Репрезентативная длина последовательности для UniRef100 и UniRef90 - 429 аминокислот, а для UniRef50 - 428 аминокислот.
Ферменты Thermovirga lienii, с пиридоксаль-5'-фосфатом в качестве кофермента. Пиридоксаль-5'-фосфат - это важный кофермент, часто участвующий в реакциях трансаминирования, декарбоксилирования, рацемации, ретро-альдольной конденсации [5]. Для поиска в Advanced search был составлен следующий запрос: (organism_id:580340) AND (chebi:"CHEBI:18405"), обеспечивающий поиск белков с пиридоксаль-5'-фосфатом в качестве кофермента у Thermovirga lienii. В результате было найдено 52 белка, два из которых с Annotation score 4/5 и девять - 3/5, из них только 6 катализируют реакции из привённого списка выше.
Распределение гидролаз Thermovirga lienii меньше 50 kDa и больше 50 kDa. Для поиска в Advanced search были составлены следующие запросы: (organism_id:580340) AND ((mass:[0 TO 50000]) OR (keyword:KW-0378)) и (organism_id:580340) AND ((mass:[50000 TO 500000]) OR (keyword:KW-0378)), обеспечивающие поиск ферментов из класса EC3 (гидролазы), с массой от 0 до 50kDa и от 50kDa до 500kDa у Thermovirga lienii. В результате было найдено 1558 белков и 495 белков соответственно.
Число цитоплазматических белков у Thermovirga lienii Для поиска в Advanced search были составлены следующий запрос: (organism_id:580340) AND (cc_scl_term:SL-0086), обеспечивающий поиск цитоплазматических белков у Thermovirga lienii. В результате было найдено 216 белков.