Выравнивание последовательностей белков Escherichia coli K12 и Bacillus subtilis 168 выполнено программой needle (глобальное парное выравнивание), параметры по умолчанию.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Flagellar motor switch protein | FLIM_ECOLI | FLIM_BACSU | 490.0 | 31.9% | 56.4% | 15 | 4 |
| Acetylglutamate kinase | PROB_ECOLI | PROB_BACSU | 337.0 | 33.8% | 52.8% | 22 | 9 |
| Translation initiation factor IF-1 | IF1_ECOLI | IF1_BACSU | 272.0 | 68.1% | 88.9% | 0 | 0 |
Выравнивание последовательностей белков E. coli K12 и B. subtilis 168 выполнено программой water (локальное парное выравнивание), параметры по умолчанию.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Flagellar motor switch protein | FLIM_ECOLI | FLIM_BACSU | 490.0 | 32.6% | 57.8% | 10 | 4 | 99.09% | 97.63% |
| Acetylglutamate kinase | PROB_ECOLI | PROB_BACSU | 339.5 | 36.3% | 57.1% | 6 | 5 | 86.82% | 86.05% |
| Translation initiation factor IF-1 | IF1_ECOLI | IF1_BACSU | 272.0 | 70.0% | 90.0% | 0 | 0 | 97.22% | 97.22% |
Глобальное выравнивание. Исходя из результатов глобального выравнивания последовательностей выбранных белков E. coli K12 и B. subtilis 168, можно сделать вывод, что они все гомологичны, так как процент их идентичности больше 25% (31.9%, 33.8%, 68.1%). У Translation initiation factor IF-1 (IF1) процент идентичности более чем в 2 раза выше чем у Flagellar motor switch protein (FMSP) и Acetylglutamate kinase (AK) и в отличие от них (15 и 4, 22 и 9) полностью отсутствуют гэпы и индели, что свидетельствует о его значительной консервативности, связанной с участием IF1 в трансляции. Вес выравнивания IF1 (272.0) ниже чем у FMSP (490.0) и AK (337.0) в связи с его меньшими размерами.
Локальное выравнивание. Для FMSP и IF1 локальное выравнивание показало схожий процент идентичности (32.6%, 70.0%) и большой процент покрытия обоих белков (99.09% и 97.63%, 97.22% и 97.22%), что свидетельствует о том, что данные белки гомологичны почти по всей длине. Покрытие AK меньше чему у 2 других белков (86.82%, 86.05%), а количество гэпов и инделей в локальном выравнивании (6, 5) значительно меньше чем в глобальном (22, 9), что показывает, что у данного белка присутствуют большие негомологичные части на концах.
Выводы. FMSP гомологичен по всей длине, локальное выравнивание в его случае немного более информативно по сравнению с глобальным, так как дало незначительно лучший процент идентичности.AK гомологичен почти по всей длине за исключением длинных негомологичных концевых частей, локальное выравние более информативно в его случае, так как обрезало негомологичные концевые части. IF1 гомологичен по всей длине, локальное выравнивание в его случае немного более информативно по сравнению с глобальным, так как дало незначительно лучший процент идентичности.
Были выбраны белки AAT_ECOLI и DHA_BACSU.
| Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase | Tryptophan synthase alpha chain | ARGC_ECOLI | TRPA_BACSU | 36.0 | 13.9% | 24.2% | 217 | 19 |
| Protein Name 1 | Protein Name 2 | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase | Tryptophan synthase alpha chain | ARGC_ECOLI | TRPA_BACSU | 43.5 | 22.5% | 40.5% | 28 | 7 | 28.14% | 37.45% |
Белки не являются гомологичными в связи с их низким процентом идентичности (глобальное: 13,9%, локальное: 22,5%) и большим количество гэпов (глобальное: 217, локальное: 28) и инделей (глобальное: 19, локальное: 7). Оба типа выравнивания не выявили значимого эволюционного сходства между последовательностями, также в данном случае они оба не будут информативными.
Выбор. Для множественного выравнивания с помощью команды muscle были выбраны белки с мнемоникой IF1_, рекомендованное
полное имя - Translation initiation factor IF-1.
В результате выполнения команды infoseq 'sw:IF1*' -only -name -nohead -auto | wc -l было найдено 477 белков с
мнемоникой IF1_. Использованы следующие белки: IF1_NOSS1, IF1_UREPA, IF1_DESPS, IF1_FRATT, IF1_PSEF5, IF1_ECOLI, IF1_BACSU.
Выполнение. Сначала с помощью команды seqret были загружены последовательности из Swiss-Prot: seqret @178.txt FASTA::file.fasta -auto,
178.txt - название файла с идентификаторами данных белков. Затем выполнено выравнивание командой muscle:
muscle -align file.fasta -output align.fasta. Дальше множественное выравнивание было открыто с помощью программы
Jalview, где колонки выравнивания были раскрашены по проценту идентичности, файл.
Обсуждение. Последовательности являются гомологичными по всей длине за исключением C-концевой инсерции IF1_DESPS (72-77 столбцы). Качество выравниваний можно оценить как хорошее в связи с маленьким числом инделей, примерно равной длиной большинства последовательностей и большим процентом идентичности. Большая часть последовательности белков является консервативной, однако присутствуют полиморфные позиции, где у большинства разные аминокислоты (6, 30, 31, 42, 54, 71 и др.)