В базе данных PDB под идентификатором 7FRO находится каталитический домен цепи А тирозиновой протеинфосфатазы нерецепторного типа 1 (Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1, PTPN1). Это мономерная цитозольная фосфатаза человека (H. sapiens), участвует в различных физиологических процессах (иммунный ответ, рост и дифферецировка клеток и т.д.) и является важным регулятором в сигнальных путях инсулина и лептина, с чем связана её критическая роль в патогенезе сахарного диабета II типа. Она входит в семейство протеинтирозинфосфатаз, которые катализируют реакцию дефосфорилирования остатков тирозина своих белковых-субстратов [1]. PTPN1 действует как регулятор реакции эндоплазматического ретикулума на неправильное сворачивание белка (через дефосфорилирование EIF2AK3/PERK), регулирует сигнальный путь EFNA5-EPHA3 и сигнальный путь рецептора фактора роста гепатоцитов [2].
PTPN1 представляет собой мономерный белок (цепь А) из 435 аминокислот, состоящий из 3 доменов: одного N-концевого каталитического домена PTP, богатого пролином некаталитического регуляторного домена и C-концевого домена клеточной локализации (Рис. 1). В последовательности из базы данных PDB 7FRO наблюдаются 2 инженерные мутации, отличающие её от референса из базы данных Uniprot (ID P18031) [3].
Каталитический домен образован альфа-спиралями, бета-листом и неупорядоченными участками с первичной структурой.
Участки вторичной структуры уложены в типе альфа+бета (альфа+бета+альфа), внутри центрального бета-листа
- альфа/бета. Альфа-спиралей всего 8: 3 в C-концевой части (оранжевый), 3 в - N-концевой (красный) и 2 интеркалярно внутри центрального
бета-листа (синий).
Центральный бета-лист смешанный - состоит из 8 бета тяжей, формирующих 3 участка - 2 крайних антипараллельных (N-концевой - фиолетовый, C-концевой - бежевый) и центральный параллельный (зеленый).
В структуре фермента присутствуют 2 типа малых молекул: 2-амино-гидроксиметил-пропан-1,3-диол (2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL, TRS), поддерживающий pH для кристаллизации белка и 2-(тиофен-2-ил)-1H-имидазол (2-(thiophen-2-yl)-1H-imidazole, JG4), который является одним из субстратов фермента и необходим для моделирования работы активного центра фермента. Также в записи присутсвуют молекулы воды (HOH, Water), которые участвуют в образовании водородных связей.
