С помощью программы fiber пакета 3DNA Были построены модели A (gatc_a.pdb), B (gatc_b.pdb) и Z (gatc_z.pdb) форм ДНК. Последовательности представляют собой 5 повторов GATC.
При помощи PyMol были визуализированы структуры A-, B-, Z-форм ДНК, полученные в предыдущем задании. Также в качестве референта была использована pdb структура B-формы (1bna).
Было проанализировано положение атомов цитозина 9 в референте B-формы. В сторону большой бороздки обращены атомы: c12.n4, c12.c5, c12.c6, в сторону малой бороздки обращены атомы: c12.o2, c12.c2 (рис. 1).
Для построенный структур вычеслены некоторые характеристики, приведённые в Таблице 1.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 (теор.) |
| Ширина большой бороздки | 8,0 Å (от P C12 цепи A до P T23 цепи B) | 17,2 Å (от P C12 цепи A до P A26 цепи B) | практически не выражена (выпуклая, локального минимума нет) |
| Ширина малой бороздки | 16,8 Å (от P C12 цепи A до P A31 цепи B) | 11,7 Å (от P C12 цепи A до P G33 цепи B) | 7,2 Å (от P G5 цепи A до P G19 цепи B) |
Для анализа строения РНК была выбрана структура c PDB-ID 1F7V. Стебли образуют нуклеотиды с номерами: акцепторный 902-907 (966-971), D-стебель 939-942 (928-931), антикодоновый 910-912 (923-925), T-стебель 949-953 (961-965). В результате анализа были найдены неканонические пары: 901P - 972A, 905U - 968G, 954t - 958a, 955P - 917G, 943A - 927P, 944A - 926g, 913C - 922C, 914A - 908U, 915A - 948U. Третичные контакты (водородные связи): 955P - 917G, 943A - 927P, 944A - 926g, 915A - 948U, 918G - 956C.