Состав записи 1usi из PDB

                                                                                                            

HEADER    TRANSPORT PROTEIN                                                                                      
TITLE     L-LEUCINE-BINDING PROTEIN WITH PHENYLALANINE BOUND                                                     
По-моему поля несут следующую информацию:                                                                        
HEADER - Класс молекулы. В данной случае - транспортный белок. Судя по PDB в этом поле могут быть самые разные   
классы от RNA до ферментов.                                                                                      
TITLE - Название молекулы. В данном случае - L-лейцин связывающий белок со связанным фенилаланином.              
COMPND    MOL_ID: 1;                                                                                             
COMPND   2 MOLECULE: LEUCINE-SPECIFIC BINDING PROTEIN;                                                           
COMPND   3 SYNONYM: L-LEUCINE-BINDING PROTEIN, LS-BP, L-BP;                                                      
COMPND   4 CHAIN: A, C;                                                                                          
COMPND   5 ENGINEERED: YES                                                                                       
Дальнейшие размышления. Строки 2 и 3 в поле COMPND представляют собой названия структуры                         
и его синонимы (строка 3: SYNONIM). Важной является строка 4 CHAIN: несет информацию о цепях в данной            
белковой структуре и их идентификаторах, а данном случае цепи 2, что подтверждается 3D структурой, их            
идентификаторы - A и C. Строка ENGINEERED несет информацию о том, синтезирован ли данный белок       
искуственно или нет, в данном случае - да.                                                                       
Изучение поля SEQRES показало, что белок состоит из 2 абсолютно идентичных цепей, каждая из которых состоиз из   
346 аминокислотных остатков.                                                                                     
Анализ полей HET HETNAM и FORMUL дает следующую информацию.                                                      
В каждой цепи в идинаковой позиции (A1346 и С1346) координированна 1 молекула фенилаланина (PHENYLALANINE).      
FORMUL   4  HOH   *299(H2 O1)                                                                                    
А вот над этой надписью стоит подумать. Судя по всему она означает, что в белке находятся 299 молекул воды (H2O).



Цепь А, красные - альфа-спирали, желтые - бета-тяжи
В каждой цепи - 16 альфа спиралей и 7 бета-тяжей

Белок в остовной модели, разные цепи показаны разными цветами,
зеленым показаны лиганды
Главная страница
Первый семестр

©Арутюнов Артём

©Photo exclusiely made by myself :)

©Я в контакте