Программа BLASTP

Поиск по SwissProt.
В списке находок поданная на вход последовательность первая, а мой белок LIVK_ECOLI - 4ый
ID Номер в выдаче Вес (Score) E-value
P0AD96 1 748 битов (1931) 0
P04816 4 589 битов (1519) 6*10-68
A3CKT0.1 57 32.1 бита (69) 8.3
Поиск по PDB
В поиске по PDB находок всего 15. Здесь стоит заметить, что Blast нашел запись PDB, с которой я работал в первом семестре (1usi). Причем, если я правильно понял, выравнивал он цепь с идентификатором А.

Результаты поиска по PDB
PDB-код Номер в выдаче Вес (Score) E-value
1Z15; 1Z16
Идентификаторы цепей: А; A (есть структура белка в супероткрытой форме и со связанным изолейцином)		 1 702 бита (1812) 0
1usi
Идентификаторы цепей: А, C		 6 568 бит (1463) 1*10-162

Далее я подал Blast'у первую треть последовательность гомолога своего белка. Для этого я сначала получил последовательность с помощью seqret из пакета EMBOSS и выделил 1/3. Результаты следующие:
ID Номер в выдаче Вес (Score) E-value
P0AD96 1 247 битов (630) 1*10-65
P04816 4 198 битов (504) 4*10-51
Как видно из приведенной мной таблицы, вес выравниваний упал примерно в 3 раза. Укоротили последовательность - отрезали потенциально важные для выравнивания остатки - уменьшился счет. Так же увеличелся E-value. Т.к E-value показывает своего рода "уникальность", "неслучайность" выравнивания, то уменьшив количество остатков, мы увеличили процент неслучайности. Хотя, в обеих случаях, E-value имеет достаточно низкое значение, что говорит о правильности находок. Третьей находки (A3CKT0) в списке не оказалось. Вероятно, её E-value повысился до уровня случайного совпадения и "отсеился" Blast'ом.

Сравнение выравниваний BLAST с выравниваниями алгоритмов Смита-Уотермана и Нидльмана-Вунша.
Все выравнивания проводились с штарафом за открытие гэпа - 11 и за продление - 1.
Где выравнивалось Выравнивание Вес (Score) Длина % Идентичности % Сходства
BLAST 379 373 62% 78%
needle
                                                                                                                                                                                       
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                  
B R A C _ P S E A E   :   M K K G T Q R L S R L F A A M A I A G F A S Y S M A A D T I K I A L A G P V T G P V A Q Y G D M Q R A G A L M A I E Q I N K A G G V N G A Q L E G   :     7 3
L I V J _ E C O L I   :   ~ ~ M N I K G K A L L A G C I A L A - F S N M A L A E D - I K V A V V G A M S G P V A Q Y G D Q E F T G A E Q A V A D I N A K G G I K G N K L Q I   :     6 9
                                              L       6 A 6 A   F         6 A   D   I K 6 A 6   G   6 3 G P V A Q Y G D   2     G A     A 6     I N     G G 6   G     L 2              
                                                                                                                                                                                       
                                    8 0                   *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                        
B R A C _ P S E A E   :   V I Y D D A C D P K Q A V A V A N K V V N D G V K F V V G H V C S S S T Q P A T D I Y E D E G V L M I T P S A T A P E I T S R G Y K L I F R T I G   :   1 4 6
L I V J _ E C O L I   :   V K Y D D A C D P K Q A V A V A N K V V N D G I K Y V I G H L C S S S T Q P A S D I Y E D E G I L M I T P A A T A P E L T A R G Y Q L I L R T T G   :   1 4 2
                          V   Y D D A C D P K Q A V A V A N K V V N D G 6 K 5 V 6 G H 6 C S S S T Q P A 3 D I Y E D E G 6 L M I T P   A T A P E 6 T   R G Y   L I   R T   G            
                                                                                                                                                                                       
                                *               1 6 0                   *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2            
B R A C _ P S E A E   :   L D N M Q G P V A G K F I A E R Y K D K T I A V L H D K Q Q Y G E G I A T E V K K T V E D A G I K V A V F E G L N A G D K D F N A L I S K L K K A   :   2 1 9
L I V J _ E C O L I   :   L D S D Q G P T A A K Y I L E K V K P Q R I A I V H D K Q Q Y G E G L A R A V Q D G L K K G N A N V V F F D G I T A G E K D F S T L V A R L K K E   :   2 1 5
                          L D     Q G P   A   K 5 I   E 4   K       I A 6 6 H D K Q Q Y G E G 6 A     V       6             V     F   G 6   A G   K D F     L 6   4 L K K              
                                                                                                                                                                                       
                          0                   *               2 4 0                   *               2 6 0                   *               2 8 0                   *                
B R A C _ P S E A E   :   G V Q F V Y F G G Y H P E M G L L L R Q A K Q A G L D A R F M G P E G V G N S E I T A I A G D A S E G M L A T L P R A F E Q D P K N K A L I D A F   :   2 9 2
L I V J _ E C O L I   :   N I D F V Y Y G G Y H P E M G Q I L R Q A R A A G L K T Q F M G P E G V A N V S L S N I A G E S A E G L L V T K P K N Y D Q V P A N K P I V D A I   :   2 8 8
                            6   F V Y 5 G G Y H P E M G   6 L R Q A 4   A G L       F M G P E G V   N     6 3   I A G       E G 6 L   T   P 4   5   Q   P   N K   6 6 D A              
                                                                                                                                                                                       
                                    3 0 0                   *               3 2 0                   *               3 4 0                   *               3 6 0                      
B R A C _ P S E A E   :   K A K N Q D P S G I F V L P A Y S A V T V I A K G I E K A G E A D P E K V A E A L R A N T F E T P T G N L G F D E K G D L K N F D F T V Y E W H K   :   3 6 5
L I V J _ E C O L I   :   K A K K Q D P S G A F V W T T Y A A L Q S L Q A G L N Q S D - - D P A E I A K Y L K A N S V D T V M G P L T W D E K G D L K G F E F G V F D W H A   :   3 5 9
                          K A K   Q D P S G   F V       Y   A 6     6     G 6             D P     6 A     L 4 A N 3     T     G   L   5 D E K G D L K   F   F   V 5   W H              
                                                     
                                  *                  
B R A C _ P S E A E   :   D A T R T E V K   :   3 7 3
L I V J _ E C O L I   :   N G T A T D A K   :   3 6 7
                          1   T   T     K            
1068 373 53.4% 74.3%
water
                                                                                                                                                                                       
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                  
B R A C _ P S E A E   :   L F A A M A I A G F A S Y S M A A D T I K I A L A G P V T G P V A Q Y G D M Q R A G A L M A I E Q I N K A G G V N G A Q L E G V I Y D D A C D P K   :     7 3
L I V J _ E C O L I   :   L L A G C I A L A F S N M A L A E D - I K V A V V G A M S G P V A Q Y G D Q E F T G A E Q A V A D I N A K G G I K G N K L Q I V K Y D D A C D P K   :     7 2
                          L   A             F         6 A   D   I K 6 A 6   G   6 3 G P V A Q Y G D   2     G A     A 6     I N     G G 6   G     L 2   V   Y D D A C D P K            
                                                                                                                                                                                       
                                    8 0                   *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                        
B R A C _ P S E A E   :   Q A V A V A N K V V N D G V K F V V G H V C S S S T Q P A T D I Y E D E G V L M I T P S A T A P E I T S R G Y K L I F R T I G L D N M Q G P V A G   :   1 4 6
L I V J _ E C O L I   :   Q A V A V A N K V V N D G I K Y V I G H L C S S S T Q P A S D I Y E D E G I L M I T P A A T A P E L T A R G Y Q L I L R T T G L D S D Q G P T A A   :   1 4 5
                          Q A V A V A N K V V N D G 6 K 5 V 6 G H 6 C S S S T Q P A 3 D I Y E D E G 6 L M I T P   A T A P E 6 T   R G Y   L I   R T   G L D     Q G P   A              
                                                                                                                                                                                       
                                *               1 6 0                   *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2            
B R A C _ P S E A E   :   K F I A E R Y K D K T I A V L H D K Q Q Y G E G I A T E V K K T V E D A G I K V A V F E G L N A G D K D F N A L I S K L K K A G V Q F V Y F G G Y   :   2 1 9
L I V J _ E C O L I   :   K Y I L E K V K P Q R I A I V H D K Q Q Y G E G L A R A V Q D G L K K G N A N V V F F D G I T A G E K D F S T L V A R L K K E N I D F V Y Y G G Y   :   2 1 8
                          K 5 I   E 4   K       I A 6 6 H D K Q Q Y G E G 6 A     V       6             V     F   G 6   A G   K D F     L 6   4 L K K     6   F V Y 5 G G Y            
                                                                                                                                                                                       
                          0                   *               2 4 0                   *               2 6 0                   *               2 8 0                   *                
B R A C _ P S E A E   :   H P E M G L L L R Q A K Q A G L D A R F M G P E G V G N S E I T A I A G D A S E G M L A T L P R A F E Q D P K N K A L I D A F K A K N Q D P S G I   :   2 9 2
L I V J _ E C O L I   :   H P E M G Q I L R Q A R A A G L K T Q F M G P E G V A N V S L S N I A G E S A E G L L V T K P K N Y D Q V P A N K P I V D A I K A K K Q D P S G A   :   2 9 1
                          H P E M G   6 L R Q A 4   A G L       F M G P E G V   N     6 3   I A G       E G 6 L   T   P 4   5   Q   P   N K   6 6 D A   K A K   Q D P S G              
                                                                                                                                                                                   
                                    3 0 0                   *               3 2 0                   *               3 4 0                   *               3 6 0                  
B R A C _ P S E A E   :   F V L P A Y S A V T V I A K G I E K A G E A D P E K V A E A L R A N T F E T P T G N L G F D E K G D L K N F D F T V Y E W H K D A T R T E V K   :   3 6 3
L I V J _ E C O L I   :   F V W T T Y A A L Q S L Q A G L N Q S D - - D P A E I A K Y L K A N S V D T V M G P L T W D E K G D L K G F E F G V F D W H A N G T A T D A K   :   3 6 0
                          F V       Y   A 6     6     G 6             D P     6 A     L 4 A N 3     T     G   L   5 D E K G D L K   F   F   V 5   W H   1   T   T     K            
1076 363 54.5% 74.9%
Главная страница
Первый семестр
Второй семестр

©Арутюнов Артём

©Photo exclusiely made by myself :)

©Я в контакте