Зачетное задание


Трехмерная структыра выравниваемых участков. Цепь А - серая, цепь Е - зеленая.

                                                                                                                         
                          *                 2 0                   *                 4 0                   *              
A   :   ~ ~ ~ ~ ~ Y I D V G A T Y Y F N K N M S A F V D Y K I N Q l d s d n k l n i N N D D I V A V G M T Y Q F   :   4 7
E   :   i D D V T Y Y G L G A S Y D L G G G A S I V G G I A D N D l p - - - - - - - N S D M V A D L G V K F K F   :   4 5
                  Y     6 G A 3 Y             S               N   L                 N   D   6     6 G 6   5   F          
Выравнивание, построенное алгоритмом Нидльмана-Вунша.
                                                                                                                                         
                                      *                 2 0                   *                 4 0                   *                  
A               :   - - - - - Y I D V G A T Y Y F N K N M S A F V D Y K I N Q l d s d n k l n i N N D D I V A V G M T Y Q F - -   :   4 7
E               :   i D D V T Y Y G L G A S Y D L G G G A S I V G G I A D N - D l p - - - - - - N S D M V A D L G V K F K F - -   :   4 5
A l i g n e d   :   - - - - - A A A A A A A A A A - - A A A A A A A A A - - - - - - - - - - - - - - A A A A A A A A A A A A - -   :   3 1
                              y       g A   y           a s a         a   n                     n   d     a a   g         f              
Биологически обоснованное выравнивание, построенное на основе наложения пространственных структур.
Длина биологически обоснованного выравнивания - 31аа, процент биологически обоснованного участка - 69%. Процент идентичных остатков на биологически обоснованных участках выравнивания = 26%. Функционально схожих = 19.3%. Остальные остатка совпадают при наложении структур, но по BLOSUM62 дают отрицательный вес.
Выравнивания auto и bio сильно похожи, но имеют ряд серьёзных отличий. Многие пары остатков (например пара N-N ближе к концу) выровнены в auto, но С-альфа атомы этих остатков на пространственной структуре расположены дальше 2-х ангстрем.
Главная страница
Первый семестр
Второй семестр

©Арутюнов Артём

©Photo exclusiely made by myself :)

©Я в контакте