- Выбранные гомологичные последовательности
- Выравнивание с помощью программы emma
- Выравнивание с помощью программы muscle
- Матрица попарного сопоставления выравниваний, полученная на основе множественного выравнивания с помощью алгоритма ClustalW (emma)
- Сравнение двух множественных выравниваний
Качество выравнивания определяется его весом и числом конвервативных колонок. Так как в данном упражнении вес нам не очень важен, мы посмотрим на количество колонок, консервативных на 100 и 70 процентов в разных выравниваниях (emma и muscle). Для выравнивания emma: на 100% - 69, на 70% - 43. Для выравнивания muscle: на 100% - 71 на 70% - 44. Это свидельствует о том, что выравнивание muscle более качественно. Гэпов в последовательностях мало и их постановка практически совпадает.
- Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей LIVK_ECOLI и LIVB3_BRUSU с их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием
Хочу заметить, что в последнем задании про сравнение трех выравниваний (emma; muscle; needle) выравнивания станут почти одинаковыми, если добавить по 3 гэпа к началу последовательностей needle или, наоборот, удалить по 3 гэпа в начале последовательностей muscle и emma. Выравнивание needle содержит 137 консервативных колонок, у программы muscle около 132, у emma - 120. Тем самым видно, что для выравнивания двух последовательностей лучше использовать алгоритмы попарного, а не множественного выравнивания.
©Арутюнов Артём
©Photo exclusiely made by myself :)
©Я в контакте