Pfam & Interpro

Pfam

Доменная организация белка LIVK_ECOLI

Схематичное изображение доменной структуры LIVK_ECOLI. Здесь будет рассматриваться только домен ANF_receptor, т.к. только он содержится в PfamA
Домены (выделены зеленым) на пространственной структуре LIVK_ECOLI. (PDB 1usi)

Домены в последовательности LIVK_ECOLI

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности LIVK_ECOLI
PF01094	ANF_receptor	Семейство лиганд-связывающих рецепторных участков	44-362

Описание N-концевого домена белка LIVK_ECOLI

Так как у меня всего 1 домен из PfamA, то и рассматривать я буду его - ANF_receptor.

Краткая характеристика домена PF1094

Семейсто включает внеклеточные лиганд-связывающие домены широкого спектра рецепторных белков. Оно также включает бактериальные белки известной структуры, связывающие аминокислоты.

Организмы, в которых найдены белки с доменами PF01094

Таксон		Количество белков с доменом PF01094
Эукариоты	Растения	51
	Грибы	0
	Животные	838
	Прокариоты	Бактерии	1306
Прокариоты	Археи	48

Всего с доменами PF01094 известно 2261 белок. Домен может быть единственным в белке, но гораздо чаще помимо него в белок входят и другие домены. Также известны случаи дупликации домена, например в белке Q8YNN3_ANASP цианобактерии Anabaena sp. Но цианобактерия - не единственный случай дупликации домена - всего таких белков в Pfam найдено 6. Во всез случаях домены идут друг за другом.

InterPro

Все подписи в моем белке по данным InterPro

Мотивы в белке LIVK_ECOLI по данным БД InterPro

Название подписи	Положение в последовательности LIVK_ECOLI	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
LEUILEVALBP	26-42; 48-64; 67-85; 88-98; 254-272; 277-290; 329-344	PRINTS	University of Manchester Bioinformatics Information and Research	Манчестер, Англия
ANF_Receptor	44-362	Pfam	Wellcome Trust Sanger Institute Institut National de la Recherche Agronomique Korean Institute of Science and Technology Information Washington University	Кембридж, Англия Франция, Париж. Южная Корея, Сеул. США, Сент-Луис.
G3DSA:3.40.50.9600	24-212	Gene3D	University College London	Лондон, Англия
SSF53822	24-369	SuperFamily	University of Bristol University of Texas at Austin Stanford University	Бристол,Англия Аустин, США, штат Техас Стенфорд,США

Главная страница

Первый семестр

Второй семестр