Исследование структуры тРНК

  1. Краткое описание структуры в файле 2cv1.pdb

    2. В файле приведены координаты атомов следующих молекул (Thermus thermophilus,молекулы: тРНК, глутамил-тРНК-синтетаза, АТФ, (4S)-4-амино-5-гидроксипентановая кислота (L-Глутамол)).
    Для исследования была выбрана цепь C, представляющая Glu тРНК со следующей последовательностью:
    [1] 5'G G C C C C A U C G U C U A G C G G U U A G G A C G C G G C C C U C U C A A G G C C G A A A C G G G G G U U C G A U U C C C C C U G G G G U C A C C A 3'[75],

    Где 1 и 75 - номера первого и последнего нуклеотида соответственно.
    В конце последовательности на 3' конце есть ССА триплет, координаты его атомов приведены.

  2. Исследование вторичной структуры

    3. На основании выходного файла программы find_pair:
    Акцепторный стебель состоит из участка 501-507 и комплиментарного ему участка 572-566
    Т-стебель состоит из участка 549-553 и комплиментарного участка 565-561
    D-стебель состоит из участка 510-513 и остатка 515 (514 не образует водородных связей) и комплиментарного ему участка 525-521
    Антикодоновый стебель состоит из участка 526-531 и комплиментарного ему участка 539-544
    Антикодоном является триплет 534-536 и кодирует аминокислоту лейцин

    Рис.1. Вторичная структура лейциновой тРНК из 2cv1.pdb Скрипт для получения изображения
    Хочу заметить, что РНК была заранее вырезана мною из файла 2cv1.pdb
    background white
    restrict backbone
    select (501-507 or 566-572) and backbone
    color red
    select (549-553 or 561-565) and backbone
    color green
    select (510-513 or 522-525) and backbone
    color blue
    select (526-531 or 539-544) and backbone
    color orange

    Структуру стеблевых дуплексов поддерживают 19 канонических и 4 неканонические пары оснований.

    Неканонические пары: 2 пары G-U и две пары G-A.
    Неканоническая пара G-A (526 - 544) Неканоническая пара G-U (502 - 571)
    Также стоит заметить, что в стуктуре отсутствует вариабельная петля, тимидин в Т-петле и дигидроуридины в D-петле.

  3. Исследование третичной структуры

    4. Схема стэкинг-взаимодействия между началом Т - стебля и концом акцепторного стебля.


    D и T петли находятся близко друг к другу, что обуславливает установление водородных связей между остатками 519-556 и 518-555, схема связей приведена ниже. Первая пара - G-C, вторая - неканоническая G-U.

  4. Предсказание вторичной структуры тРНК

    5. В этом задания я пытался предсказать вторичную структуры тРНК с помощью алгоритма Зукера (mfold) и с помощью программы einverted.
    Участок структуры Позиции в структуре
    (по результатам find_pair)     		Результаты предсказания
    с помощью einverted     		Результаты предсказания
    по алгоритму Зукера
    Акцепторный стебель 5' 501-507 3'
    5' 566-572 3'
    		 предсказано 2 пары из 7 реальных предсказано 7 из 7
    D-стебель 5' 510-513, 515 3'
    5' 521-525 3'
    		   предсказано 5 из 5
    T-стебель 5' 549-553 3'
    5' 561-565 3'
    		   предсказано 5 из 5
    Антикодоновый стебель 5' 526-531 3'
    5' 539-544 3'
    		   предсказано 5 из 6 реальных
    Общее число канонических пар нуклеотидов 19   17
Схема, выданная программой mfold при параметре Р по умолчанию. Помимо стандартного значения параметра Р, я запускал программу со значениями Р=10, 15, 20, 30. Но показанная схема лучше всего описывает структуры моей тРНК.
Главная страница
Второй семестр
Первый семестр

©Арутюнов Артём

©Photo exclusiely made by myself :)

©Я в контакте