BLAST

Работа с программой getorf пакета EMBOSS

Сначала из embl была получена запись D89965 с помощью команды entret. Далее с помощью команды getorf был получен файл со всеми трансляциями открытых рамок считывания при заданных условиях.
getorf -table 11 -minsize 30 -find 1 -sequence d89965.entret
Согласно выходному файлу этой программы 5 рамка соответствует CDS, указанноq в embl b 13-ая - указанной в Swissprot.

Поиск некодирующих последовательностей программой BLASTN

2 раза запускаем blastN: сначала без порога по е-value потом с ним.
Команды: blastall -p blastn -d 3 -i trna_ecoli.fasta -m 8 -o trna.txt *
* -d 3 - название БД из 3х геномов.
blastall -p blastn -d 3 -i trna_ecoli.fasta -m 8 -e 0.001 -o trna2.txt

Поиск некодирующих последовательностей программой megablast

2 раза запустим программу megablast:
megablast -d 3 -D 3 -i trna_ecoli.fasta -o megablast_trna.txt
megablast -d 3 -D 3 -t 16 -W 11 -N 2 -i trna_ecoli.fasta -o megablast_disc.txt
результаты выполнения этих двух заданий представлены в таблице

Минимальный анализ результатов

Dвыбрал aspU из генома Xanthomonas campestris из файла trna_ecoli.fasta. Согласно выходному файлу BLASTN ему соответствует запись AE012195.
AC: AE012195
DE: Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913, section 103 of 460 of the complete genome.
OS: Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913
Также я постоил выравнивание последовательности, полученной вырезанием участка 9895-9971 из генома и данной мне последовательностью aspU с помощью программы needle: Файл с выравниванием.

Главная страница

Второй семестр

Первый семестр