Банк нуклеотидных последовательностей EMBL

Задание 1

a) Последний проиндексированный релиз EMBL состоялся 5 сентября 2008 года и содержит 92831733 записей.

b) Результаты представлены в виде таблицы

ANN: Constructed sequence with annotation CON: Constructed sequence EST: Expressed Sequence Tag GRV: Genome Reviews GSS: Genome Survey Sequence HTC: High Throughput cDNA sequencing HTG: High Throughput Genome sequencing MGA: Mass Genome Annotation PAT: Patent SET: Project set (EMBL WGS Masters only) STD: Standard STS: Sequence Tagged Site TPA: Third Party Annotation TSA: Transcriptome Shotgun Assembly WGS: Whole Genome Shotgun

класс не проиндексирован класс не проиндексирован 54868004 записей класс не проиндексирован 24420981 записей 524114 записей 135664 записей класс не проиндексирован 6175434 записей класс не проиндексирован 5752704 записей 945908 записей 5919 записей 3005 записей класс не проиндексирован

c) Cписок разделов банка EMBL.

ENV: Образцы из окружающей среды FUN: Грибы HUM: Человек INV: Беспозвоночные MAM: Другие млекопитающие MUS: Домовая мышь PHG: Бактериофаги PLN: Растения PRO: Прокариоты ROD: Грызуны SYN: Синтетические TGN: Трансгенные UNC: Неклассифицированные VRL: Вирусы VRT: Другие позвоночные

3614899 записей 2524681 записей 11540219 записей 13679938 записей 8686059 записей 7330487 записей 4896 записей 28334269 записей 675972 записей 1804253 записей 1500620 записей 265445 записей 2956530 записей 624900 записей 9288565 записей

d) Я выбрал разделы HUM, ROD, PLN

Разделы человека (HUM) и растений (PLN) в мае 2008 года пополнились значительно сильнее, чем в 2007. Это, особенно в случае человека, скорее всего связано с расшифровкой геномов. Раздел грызунов (ROD) пополнился почти одинаково в 2007 и 2008.

Задание 2

Направление гена относительно направления, выбранного для записи: прямое; Число кодирующих участков: 3;
Длина первого кодирующего участка: 52;
Длина последнего кодирующего участка: 215;
Длина первого интрона: 1424;
Длина последнего интрона: 782.

Задание 3

Для выполнения задания 3 нужно выполнить следующую последовательность действий:
1) Вырезать самый длинный участок с помощью команды seqret -sask
2) Запустить BLAST (blastx) по swissprot, используя бактериальный генетический код
3) Выбрать белок с меньшим e-value В моем случае такой белок - Lymphocyte antigen 6 complex locus protein G6c (ид sw: O95867)
Выравнивание

Score =  130 bits (326),  Expect = 2e-30
 Identities = 57/57 (100%), Positives = 57/57 (100%), Gaps = 0/57 (0%)
 Frame = +3

Query  3    KMWVFSNLRCGTPEEPCQEAFNQTNRKLGLTYNTTCCNKDNCNSAGPRPTPALGLVF  173
            KMWVFSNLRCGTPEEPCQEAFNQTNRKLGLTYNTTCCNKDNCNSAGPRPTPALGLVF
Sbjct  56   KMWVFSNLRCGTPEEPCQEAFNQTNRKLGLTYNTTCCNKDNCNSAGPRPTPALGLVF  112

         
Error Information
Error: in _fetch()