| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216.0 | 60.3% | 71.8% | 1 | 1 |
| Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ALF_ECOLI | ALF_BACSU | 279.0 | 25.3% | 41.0% | 98 | 16 |
| Adenine phosphoribosyltransferase | APT_ECOLI | APT_BACSU | 441.5 | 50.3% | 61.2% | 13 | 3 |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216.0 | 61.0% | 72.7% | 0 | 0 | 98,7% | 100% |
| Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ALF_ECOLI | ALF_BACSU | 289.0 | 27.5% | 43.2% | 78 | 12 | 88,0% | 89,1% |
| Adenine phosphoribosyltransferase | APT_ECOLI | APT_BACSU | 450.0 | 56.2% | 66.7% | 0 | 0 | 88,5% | 95,3% |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Peroxiredoxin Bcp Cystathionine beta-lyase PatB | BCP_ECOLI | CBL_BACSU | 23.0 | 9.9% | 18.0% | 269 | 13 | - | - |
| Peroxiredoxin Bcp Cystathionine beta-lyase PatB | BCP_ECOLI | CBL_BACSU | 32.5 | 20.1% | 36.9% | 57 | 10 | 88,5% | 42,1% |
Можно заметить, что выравнивания негомологичных белков набирают намного меньше веса, нежели выравнивания из предыдущих пуктов. Ниже оказываются и параметры Identity и Similarity. При локальном выравнивании сравниваются лишь части белка, поэтому оно набирает чуть больший вес. Даже в негомологичных белках могут быть относительно сходные участки (различные домены, например).
Я выбрал мнемонику фукции ''ALF'' и с помощью поиска в UniProt (запрос: (id:alf_*)) нашёл соответствующие белки. Их оказалось 71 (64 в Swiss-Prot). Я выбрал из них дополнительно 5 белков (кроме ECOLI и BACSU) с идентификаторами: ALF_DROME, ALF_YEAST, ALF_PLAFA, ALF_HALVD, ALF_MYCTU.
Рекомендованное полное имя из ECOLI: ''Fructose-bisphosphate aldolase class 2''.
Множественные выравнивание я делал на kodomo: создал текстовый файл, перевёл его в формат fasta с помощью команды seqret, а затем с помощью muscle сделал файл alf_alignment.fasta, содержащий выравнивания. Его я импортировал в Jalview.
И результатом стал проект: alf_jalview.jvp.
Все белки отлично выровнялись, и все они являются гомологичными. Есть много консервативных позиций: 8-13, 18-20, 25, 29-31, 34-41, 43-50, 52-54, 56-60, 62-65, 67-68, 71. Но среди консервативных участков есть четырёхнуклеотидный негомологичный промежуток (21-24), и можно предположить, что он не несёт важной функции в белке.