Я выбрал структуру B-формы ДНК и, следовательно, структуру PDB 1bna. Мне было задано азотистое основание аденин.
В сторону большой бороздки обращены атомы [DT]7:A.C4, [DT]7:A.C5, [DT]7:A.C7, [DT]7:A.O4 (7 - номер выбранной позиции, [DT] - дезокситимидин, A - уточнение какая из двух цепей).
В сторону малой бороздки обращены атомы [DA]18:B.C2, [DA]18:B.N3
В сторону большой бороздки обращены атомы [DA]18:B.C4, [DA]18:B.C5, [DA]18:B.C6, [DA]18:B.N6, [DA]18:B.N1, [DA]18:B.N7, [DA]18:B.C8.
От атома [DA]18:B.N9 я проводил границу, поэтому никуда его не отношу.
Здесь я изолировал из своей эксперементальной ДНК пару аденин и тимин и соединил гликозидные азоты. Таким способом я отнёс те или иные атомы к большой либо малой бороздкам.
Таблицу ниже я строил по полученным в задании 1 структурам.
Таблица 1 Параметры A, B и Z-форм ДНК
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 29.17 | 30.08 | 43.50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 7.98 ([DC]12:A.P - [DT]23:B.P) | 17.21 ([DC]12:A.P - [DA]26:B.P) | 7.20 ([DG]7:A.P - [DG]17:B.P) |
| Ширина малой бороздки | 16.81 ([DC]12:A.P - [DT]31:B.P) | 11.69 ([DA]18:A.P - [DT]27:B.P) | 16.08 ([DC]4:A.P - [DC]16:B.P) |
Моя структура тРНК: PDB 1g59. Координаты стеблей:
1...4 - 72...69
6...7 - 67...66
49...52 - 65...61
38...44 - 32...26
10...13 - 25...22
Пары, образующие стебли:
Неканонические пары:
5 :U-*---G: 68
49 :G-*---U: 65
54 :U-**--A: 58
55 :U-**+-G: 18
36 :U-**+-U: 33
38 :A-**--C: 32
44 :A-**--G: 26
14 :A-**--U: 8
15 :G-**+-C: 48
16 :G-**--U: 17
Стабилизирующие водородные связи:
55 :U-**+-G: 18
15 :G-**+-C: 48
16 :G-**--U: 17
19 :G-----C: 56
Координаты были получены с использованием этого файла:
Результат работы программ find-pair и analyze