° (seqret) Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл.

Были использованы файлы HSP7C_HUMAN.fasta, TERT_HUMAN.fasta и CISY_HUMAN.fasta из предыдущего практикума.
Использовалась команда - "seqret "*_HUMAN.fasta" HUMAN.fasta".
[ссылка на скачивание выходного fasta-файла]

° (seqretsplit) Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы

Был взят файл полученный уже мною файл.[ссылка на него]
Использовалась команда - "seqretsplit HUMAN.fasta".
Выходные файлы: cisy_human.fasta, hsp7c_human.fasta, tert_human.fasta

[ссылка на файл cisy_human.fasta]
[ссылка на файл hsp7c_human.fasta ]
[ссылка на файл tert_human.fasta ]

° (seqret) Перевод из формата .fasta в формат .msf.

Полученный ранее fasta-файл был переведен в формат .mfs.
Использовалась команда - "seqret HUMAN.fasta msf::pr7_seqret.mfs"
[ссылка на скачивание выходного файла]

° (featcopy) Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff.

Featcopy читает таблицы особенностей и переводит их в любой из поддерживаемых форматов.
Исходный файл - Methylovorus_sp_MP688.gb.
Использовалась команда - "featcopy Methylovorus_sp_MP688.gb pr7_featcopy.gff"
[ссылка на скачивание выходного файла]

° (extractfeat) Из файла в формате .gb получить fasta файл с кодирующими последовательностями; + добавить в описание каждой последовательности функцию белка (из поля product).

Необходимо получить файл с кодирующими последовательностями, поэтому команда была запущена с опцией -type CDS. Чтобы добавить в описание функцию белка была также использована опция -describe.
Исходный файл - Methylovorus_sp_MP688.gb.
Использовалась команда - "extractfeat Methylovorus_sp_MP688.gb -type CDS -describe pr7_extraxtfeat.fasta". [ссылка на скачивание выходного файла]

Для выполнения задания были взяты бактерии Methylovorus sp.MP688(CP002252.1) и Methylovorus glucosetrophus SIP3-4(AL009126.3).

° Метилотрофные бактерии представляют собой группу бактерий, которые способны расти в аэробных условиях за счет одного углеродного соединения, такого как метанол, в качестве единственного источника углерода и энергии и, следовательно, могут служить в роле биокатализаторов для превращения метанола в коммерчески ценные полиуглеродные соединения как аминокислоты и цитохромы.
[источник]

Для выполнения этого задания было построено выравнивание и получена карта локального сходства для этих двух штаммов.


Легко увидеть, что это гомологичные друг другу последовательности. Цифры 1 и 2 означают делецию или инсерцию. Cходство (Identity %) между гомологичными участками в данном выравнивании - 98%, query cover - 93%, E-value - 0.0 .