Задание 1.Описание выданного контига и одного из генов на нем, для которого предсказан альтернативный сплайсинг
Выданный мне контиг
NW_005819511 принадлежит Latimeria chalumnae
(Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Coelacanthiformes; Coelacanthidae; Latimeria).
Latimeria chalumnae — один из двух видов рыб рода латимерия.
Встречается в водах Индийского океана. Одна популяция обитает у островов Большой Комор и Анжуан (Коморские острова),
другая популяция — у Южной Африки, Мадагаскара и Мозамбика. Морская глубоководная демерсальная рыба длиной до 168 см.
Окрас темный, серо-синий с неправильной формы белыми пятнами по всему телу, исключая плавники и хвост. Ведет малоподвижный ночной образ жизни, хищник.
Единственный в настоящее время представитель отряда целкантообразных и надотряда кистеперых рыб. До открытия latimeria chalumnae считалось, что кистеперые вымерли.
(wiki)
Контиг NW_005819511 имеет длину 1263286 bp, 38 генов и 40 белок-кодирующих последовательностей (CDS).
[ссылка на fasta-файл NW_005819511]
[ссылка на источник рисунка ниже]
Предсказание альтернативного сплайсинга
Задание 2.Предскажите гены и белок-кодирующие области в выданном контиге
Для выполнения этого задания было необходимо воспользоваться сервером
AUGUSTUS в режиме prediction.
Параметры ввода: в качестве организма, из генома которого выбирались параметры модели, был взят Danio rerio,остальные параметры, за исключением alternative
transcripte(medium), были взяты по умолчанию.
В результате был получен файл для скачивания
predictions.tar.gz. В нем содержались файлы следующих расширений:
AUGUSTUS предсказал 51 ген, в то время как в файле GenBank всего 38 генов. Но ген - LOC102365752, являющийся вариантом альтернативного сплайсинга,
сервером AUGUSTUS предсказан не был.
