Геномное окружение. База данных GO

1. Получение информации о КОГе, к которому относится мой белок

Мой белок - WP_013440946.1 бактерии Methylovorus sp. MP688. [fasta-файл], взят отсюда [ссылка]. Результаты поиска по его последовательности в базе CDD представлены на рисунке 1.

Рисунок 1. Поиск в базе CDD
[ссылка на оригинальную страницу базы CDD].



Как можно видеть, мой белок относится к COG2303. В этот КОГ попадают остатки с 76 по 786. COG2303 - Choline dehydrogenase or related flavoprotein (холиндегидрогеназа или флавопротеин). Функциональная группа: метаболизм и транспорт липидов.

2. Визуализация геномного окружения

С помощью программы COGNAT (параметры по умолчанию: neighborhood size = 9, occurrence threshold = 20 %) было визуализировано геномное окружение для данного КОГа. Одна стрелочка соответствует одному COG. Окрашенные cтрелочки обозначают COG. Ярко-фиолетовыми стрелочками покрашен искомый COG, а аквамариновыми - COG1012.

Рисунок 2. Свидетельство о консервативности геномного окружения.



Как видно на рисунке 2, геномное окружение является консервативным за счет частого встречания COG1012 вместе с исследуемым когом.
[ссылка на полную версию в pdf]

3. Отнесение белка WP_013440946.1 к терминам GO

С помощью BLAST в базе GO был выполнен поиск белка, похожего на мой. Лучшие результаты представлены на рисунке 3.

Рисунок 3. Лучшие результаты поиска BLAST в GO.



Находка с лучшим занчением p-value относится к животным (точнее, Gallus gallus - это Банкивская джунглевая курица). Рассмотрим белок CHDH, ибо его p-value достаточно высок. [ссылка на страницу выбранного белка в AMIGO]. По поиску в AMIGO было найдено 5 находок.

Таблица 1. Термины GO, отнесённые к белку с идентификатором WP_013440946.1

Аспект Идентификатор GO Название термина Перевод названия термина Код типа достоверности
Biological_process GO:0019285 glycine betaine biosynthetic process from choline биосинтетический процесс глицин бетаина из холина IEA
Molecular_function GO:0008812 choline dehydrogenase activity холин дегидрогеназная активность IEA
Biological_process GO:0055114 oxidation-reduction process окислительно-восстановительный процесс IEA
Molecular_function GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding флавин-адениндинуклеотидное связывание IEA
Cellular component GO:0005743 mitochondrial inner membrane внутренняя мембрана митохондрий IEA


Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1

Код типа достоверности Расшифровка кода типа достоверности Объяснение
IEA Inferred from Electronic Annotation Функция не подтверждена, была автоматически предложена самой программой