PSI-BLAST

В рамках задания было предложено выбрать случайный идентификатор из списка. С помощью random.org был выбран белок B2V8C0. Это белок бактерии Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1, который является ингибитором деления клеток и блокирует образование полярных Z-септумов, а также предотвращает полимеризацию белка FtsZ. [ссылка на источник в ncbi].
Поиск сервером PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST) в базе Swiss-Prot дал следующие результаты:

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	163	Q88M41.2	0,004	Q4US07.1	0,006
2	188	Q9ZM51.1	6e-07	A7H8E6.1	0,036

Как можно видеть, результат удалось стабилизировать после второй итерации (список находок далее, в сравнении с предыдущей, выше порога не поменялся - выше 188). По разнице в E-value между "лучшей" и "худшей" находкой можно судить о гомологичности белков. В данном случае, эта разница достаточно большая, так что есть хорошая вероятность того, что эти белки - гомологичные.

Prosite

В банке Prosite путем QuickScan для белка из семейства ENO с мнемоникой ENO_BRADU (Q89KV6) был найден 1 паттерн "ILIKvNQIGTLTET" длиной 13 нуклеотидов с местоположением 334-347. Этот паттерн является енолазой. Этот паттерн был найден в выравнивании белков.
Для данного выравнивания паттерн можно сделать более строгим, то есть: "[IM]-L-[IV]-K-[VF]-N-Q-I-G-[ST]-L-T-E-T", а также при желании расширить его на несколько консервативных позиций:"N-S-[IM]-L-[IV]-K-[VF]-N-Q-I-G-[ST]-L-T-E-T-L". На рисунке 2 мы можем видеть, как паттерн тогда будет выглядеть.
Поиск ScanProsite дал 227 совпадений. В то время, как поиск в Swiss-Prot - 849. Результаты сравнения списков приведены в таблице 2.