Описание малатдегидрогеназы из генома бактерии Salinibacter ruber DSM 13855
Мне был выдан белок — НАД-зависимая малатдегидрогеназа бактерии Salinibacter ruber DSM 13855. Мои первые находки, связанные с белком, представлены в этом отчёте.
Основная информация о белке
Чтобы получить информацию, я провёл поиск по базе данных NCBI Protein (страница про белок). Название получено из Uniprot. Найденные данные сведены в таблицу 1.
| Идентификатор белка | ABC45135.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | CP000159.1 |
| Название белка | Malate dehydrogenase |
| Координаты гена в геноме | 1953448..1954392 |
| Длина гена (п.н.) | 945 |
| Цепь | прямая |
| Длина белка (а.о.) | 314 |
По данным NCBI был также создан FastA-файл с аминокислотной последовательностью белка. Получить последовательность
Название белка — малатдегидрогеназа — говорит о том, что он, вероятно, участвует в реакциях клеточного дыхания бактерии. В любом случае это фермент, катализирующий реакцию отщепления атомов водорода от иона яблочной кислоты.
Геномное окружение гена белка
В библиотеке NCBI со страницы белка можно перейти к полному геному. Вкладка Graphics позволяет найти нужный локус по координатам гена и экспортировать изображение его окружения, что я и сделал.
Картинка с геномным окружением позволяет увидеть несколько генов, расположенных рядом, вместе с рамками считывания. Интересно, что зачастую рамки расположены и на прямой, и на обратной цепи в одном и том же месте. При приближении становится ясно, что рамки не обязаны соответствовать генам, но всегда начинаются с кодона M и заканчиваются стоп-кодоном (хотя и не между любыми подходящими кодонами будет рамка, что видно из рисунка).