Отчёт по практикуму 1
В курсе биоинформатики 3 семестра изучаются нуклеиновые кислоты, и первое, что мы делаем, — учимся изображать их структуру.
Мономеры. Нуклеозиды и нуклеотиды
В первом упражнении нужно было нарисовать несколько нуклеозидов и нуклеозидфосфатов на одном листе.
Результат выполнения упражнения представлен на рис. 1.
1 — 2'-дезоксигуанозиндифосфат; 2 — 2'-дезокситимидинмонофосфат; 3 — уридин; 4 — псевдоуридин.
Связи были выровнены при помощи инструмента Check Structure, молекулы расставлены через меню Edit > Align and Distribute > Horizontally. Атомы при N-гликозидной связи выделены тёмно-красным (бордовым) цветом — в псевдоуридине её нет. Атомы остатка основания пронумерованы при помощи Mapping, сахара — инструментом вставки текста (с использованием штрихов). Рисунок в формате *.mrv можно скачать.
Изображение двойной цепи ДНК
Здесь мономеры нужно объединить в полимер, а именно — воспроизвести структуру ДНК, показанную в презентации.
Полученное изображение помещено на рис. 2.
Фрагмент двойной цепи ДНК из 4 пар оснований. Водородные связи показаны охристо-жёлтыми.
Скачать файл *.mrv.
Выполнив задания первого практикума, я освежил в памяти структуру нуклеотидов, а главное — обратил внимание на расположение водородных связей между азотистыми основаниями антипараллельных цепей.