Отчёт по практикуму 7

Качество сборки генома

Здесь будет охарактеризована сборка генома конкретного многоклеточного эукариота, полученная из NCBI Genome.

Я выбрал растение вида Acer yangbiense Y.S.Chen & Q.E.Yang. Это растение не имеет общепринятого русского названия, но латинское можно было бы перевести примерно как Клён янбийский. Это единственный представитель рода, сборка для которого нашлась в банке. Данный вид клёна эндемичен для провинции Юньнань Китайской народной республики и назван по уезду, в котором впервые описан. Деревья достигают 20 м в высоту и 20 см по диаметру ствола; листья пятилопастные, опушённые с абаксиальной стороны (BHL). На рис. 1 представлен гербарный образец вида (фото из PoWO).

У вида есть только одна сборка генома — очевидно, она и будет лучшей. Она описана в таблице 1.

Несмотря на наличие символа нижнего подчёркивания в коде доступа сборки, он был подписан именно как GenBank AC. Опубликована статья с описанием проекта (из неё взяты данные о числе генов белков). Для получения контига со страницы, посвящённой сборке, я перешёл по ссылке в поле WGS project, затем — в поле WGS (на открывшейся странице). Далее можно было выбирать из списка, я скачал контиг ctg23.

Скачивание фаговых CDS

Во втором задании от меня требовалось получить список полных геномов Corticoviridae длиной от 10000 до 20000 пар оснований.

Запрос, применённый в NCBI Nucleotide:

• "Corticoviridae"[Organism] AND (complete[All Fields] AND genome[All Fields]) AND ("10000"[SLEN] : "20000"[SLEN])

Находок в GenBank оказалось 3, а в RefSeq — 2, что видно в левом меню на странице с результатами поиска (там можно задать дополнительные фильтры). Для подробной характеристики я выбрал вирус Pseudoalteromonas phage PM2. С тем, что я узнал про него, можно ознакомиться в таблице 2.

Чтобы получить файл с CDS, я щёлкнул по меню Send to: > Coding Sequences > FASTA (Nucleotide) > Create File на странице NCBI с записью о геноме.

Семь ключей из таблиц особенностей

Здесь будет описано семь ключей, используемых в Feature Tables в NCBI GenBank. Данные я почерпнул из приведённой на сайте инструкции (прокариоты, эукариоты). Встречаются как ключи особенностей, так и ключи квалификаторов. Вот выбранные мной ключи и примеры их использования:

1. trans_except
   Используется при возникновении необходимости отметить нестандартную аминокислоту (закодированную необычным методом). Пример:
   

        CDS             join(51615..52483,52648..52744,52808..52918,52984..53137,
                        53904..53963)
                        /gene="Or7"
                        /locus_tag="CCIN_CCIN017898"
                        /inference="similar to RNA sequence,
                        mRNA:RefSeq:XM_025082041.1"
                        /note="manually curated model, revised mRNA compared to
                        XM_025082041.1,Four stop codons and four intron splice
                        problems and one frameshift.; Odorant receptor 7,
                        pseudogene"
                        /pseudogene="unknown"
                        /codon_start=1
                        /transl_except=(pos:52086..52088,aa:OTHER)
                        /db_xref="I5KNAL:CCIN017898"

2. misc_binding
   Отмечает участок транскрибируемой РНК, связывающий известный лиганд. Пример:
   

        misc_binding    64027..64264
                        /inference="COORDINATES: nucleotide
                        motif:Rfam:12.0:RF00230"
                        /inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
                        /note="T-box leader; Derived by automated computational
                        analysis using gene prediction method: cmsearch."
                        /bound_moiety="tRNA"
                        /db_xref="RFAM:RF00230"

3. db_xref
   Ссылка на другую базу данных. Пример:
   

        source          1..75297
                        /organism="Candidatus Tremblaya princeps"
                        /mol_type="genomic DNA"
                        /isolate="TREMTM"
                        /db_xref="taxon:189385"
                        /note="contig: contig03"

4. repeat_region
   Используется для аннотации «вставных» последовательностей, транспозонов. Пример:
   

        repeat_region   3108125..3109272
                        /rpt_family="CRISPR"

5. variation
   Указание на полиморфизм. Пример:
   

        variation       16198
                        /note="Variation type: SNP; Variations: G/A; Frequencies:
                        86.3/13.7; Amino acid change: His -> Tyr"

6. regulatory
   Применяется при описании промоторов, терминаторов, сайтов связывания рибосомных переключателей на транскрибируемой РНК. Пример:
   

        regulatory      33996..34038
                        /regulatory_class="terminator"

7. locus_tag
   Даёт систематическое именование гену. Пример:
   

        CDS             join(51615..52483,52648..52744,52808..52918,52984..53137,
                        53904..53963)
                        /gene="Or7"
                        /locus_tag="CCIN_CCIN017898"
                        /inference="similar to RNA sequence,
                        mRNA:RefSeq:XM_025082041.1"
                        /note="manually curated model, revised mRNA compared to
                        XM_025082041.1,Four stop codons and four intron splice
                        problems and one frameshift.; Odorant receptor 7,
                        pseudogene"
                        /pseudogene="unknown"
                        /codon_start=1
                        /transl_except=(pos:52086..52088,aa:OTHER)
                        /db_xref="I5KNAL:CCIN017898"