Отчёт по практикумам 1 и 2
В начале 4 семестра изучаются принципы построения и анализа филогенетических деревьев.
Отбор бактерий и построение дерева
В первом упражнении нужно было отобрать 7–8 видов бактерий из задания и на основе там же приведённого полного дерева построить филогенетическое дерево этих видов. По данным NCBI Taxonomy, все виды относятся к отделу Firmicutes группы Terrabacteria надцарства (superkingdom) Bacteria.
Информация об отобранных видах бактерий приведена в таблице 1, построенное дерево — см. рис. 1.
| Название | Мнемоника | Положение вида внутри отдела по NCBI |
|---|---|---|
| Streptococcus pneumoniae serotype 4 | STRPN | Bacilli > Lactobacillales > Streptococcaceae > Streptococcus > Staphylococcus pneumoniae |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC | Bacilli > Lactobacillales > Lactobacillaceae > Lactobacillus > Lactobacillus acidophilus |
| Enterococcus faecalis | ENTFA | Bacilli > Lactobacillales > Enterococcaceae > Enterococcus > Enterococcus faecalis |
| Staphylococcus aureus | STAAR | Bacilli > Bacillales > Staphylococcaceae > Staphylococcus > Staphylococcus aureus |
| Listeria monocytogenes serovar 1/2a | LISMO | Bacilli > Bacillales > Listeriaceae > Listeria > Listeria monocytogenes |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA | Bacilli > Bacillales > Bacillaceae > Geobacillus > Geobacillus thermoleovorans group > Geobacillus kaustophilus |
| Bacillus anthracis | BACAN | Bacilli > Bacillales > Bacillaceae > Bacillus > Bacillus cereus group > Bacillus anthracis |
| Clostridium tetani | CLOTE | Clostridia > Clostridiales > Clostridiaceae > Clostridium > Clostridium tetani |
- Скобочная формула дерева: ((((STRPN, LACAC), ENTFA), (STAAR, (LISMO, (GEOKA, BACAN)))), CLOTE);
- Множество разбиений, соответствующих пяти нетривиальным ветвям, три из которых выделяют таксоны (здесь применяется знак логического «или», как в задачах на взвешивания):
- {STRPN, LACAC} ∨ {ENTFA, STAAR, LISMO, GEOKA, BACAN, CLOTE};
- {STRPN, LACAC, ENTFA} ∨ {STAAR, LISMO, GEOKA, BACAN, CLOTE} — соответствует порядку Lactobacillales;
- {GEOKA, BACAN} ∨ {STRPN, LACAC, ENTFA, STAAR, LISMO, CLOTE} — соответствует семейству Bacillaceae;
- {GEOKA, BACAN, LISMO} ∨ {STRPN, LACAC, ENTFA, STAAR, CLOTE};
- {GEOKA, BACAN, LISMO, STAAR} ∨ {STRPN, LACAC, ENTFA, CLOTE} — соответствует порядку Bacillales.
Видно, что ветви на филогенетическом дереве могут как выделять значимые таксоны, так и осуществлять разделение на группы, для которых не придумали названий.