В первом практикуме мы отрабатываем навыки работы с PyMol и заодно тренируемся замечать межмолекулярные взаимодействия. По выданной модели (PDB ID: 5N2S) я построил иллюстрацию, где отобразил ключевые взаимодействия лиганда с белком. Также можно скачать PyMol-сессию, по которой создана иллюстрация.
Мне выдали аденозиновый рецептор A1 в комплексе с антагонистом PSB36. Рецептор A1 относится к пуринергическим рецепторам, связанным с G-белком. Такие ксантины, как кофеин и теофиллин, являются слабыми неселективными антагонистами аденозиновых рецепторов [1], и PSB36 тоже содержит ксантиновую группировку. На рис. 1 приведена структура лиганда.
Ниже приведено изображение взаимодействия PSB36 с рецептором (рис. 2).
Водородные связи показаны жёлтым, $\pi$-стекинг — фиолетовым. Подписаны аминокислотные остатки, с которыми непосредственно взаимодейстует лиганд.
Итак, при помощи PyMol удалось получить иллюстрацию взаимодействия лиганд-рецептор. Видно, что связи формирует главным образом ксантиновое ядро. Оно образует две водородные связи и участвует в стекинге. Связей достаточно немного, возможно, поэтому ксантины упоминаются в статье как слабые антагонисты аденозиновых рецепторов.