Проект JalView - выравнивание гомологичных белков
Проект JalView - автоматическое выравнивание эволюции
Проект JalView - выравнивание эволюции, отредактированное вручную
Для выполнения этого задания я выбрала 6 белков:
• A8LWM4, A0K1L3 – из Bacteria
• A0RZ01, A9A135 – из Archaea
• Q8I0H7, Q557E0 – из Eukaryota
Длина выравнивания составила 735 аминокислотных остатков.
Разметка позиций:
• C - консервативных на 80% и более
• G - с гэпами
• F - абсолютно функционально консервативных
Параметры консервативности:
| Белок | Длина белка | Абсолютно конервативные позиции | Абсолютно функционально конервативные позиции | Позиции с гэпами | Позиции, консервативные на 70% и более | ||||
| число | % | число | % | число | % | число | % | ||
| A8LWM4 | 611 | 155 | 25.4 | 272 | 44.5 | 18 | 2.9 | 366 | 59.9 |
| A0K1L3 | 622 | 155 | 24.9 | 272 | 43.7 | 16 | 2.6 | 366 | 58.8 |
| A0RZ01 | 656 | 155 | 23.6 | 272 | 41.5 | 13 | 2.0 | 366 | 55.8 |
| A9A135 | 636 | 155 | 24.4 | 272 | 42.8 | 14 | 2.2 | 366 | 57.5 |
| Q8I0H7 | 658 | 155 | 23.6 | 272 | 41.3 | 19 | 2.9 | 366 | 55.6 |
| Q557E0 | 632 | 155 | 24.5 | 272 | 43.0 | 9 | 1.4 | 366 | 57.9 |
Результат автоматического выравнивания:
Оказалось, что при некоторых переходах от поколения к поколению произошло больше мутаций, чем было заложено в программе (msbar -7). При переходе от 1го поколения ко 2му произошло больше мутаций, поэтому я переместила гэп с 3 позиции на 4 и cо 118 на 119. В 3м поколении – так же переместила гэп с 3 позиции на 4, а также с 94 на 96 и в предыдущих поколениях – с 94 на 92 и т.д. Итог – это ручное выравнивание:
Наиболее вероятные мутации в первых 30 позициях:
1. позиция 3 – вставка метионина (М) в 5 поколении
2. позиция 6 – делеция тирозина (Y) в 8 поколении
3. позиция 9 – замена аланина триптофаном (W) в 4 поколении
4. позиция 10 – вставка аланина (А) в 6 поколении, сохранилась в 7 поколении
5. позиция 15 – вставка гистидина (Н) в 4 поколении
6. позиция 17 – замена лейцина (L) аланином (А) во 2 поколении, передалась всем потомкам
7. позиция 19 – вставка лизина (К) в 3 поколении
8. позиция 21 – замена серина (S) гистидином во 2 поколении, передалась всем потомкам
9. позиция 22 – вставка метионина в 5 поколении
10. позиция 23 – делеция аланина в 6 поколении
11. позиция 26 – замена изолейцина (I) лизином в 5 поколении
12. позиция 28 – замена валина (V) аспарагином (N) в 4 поколении
13. позиция 29 – вставка фенилаланина (F) в 6 поколении