Поиск по сходству. BLAST, E-value
1. Проверка гомологичности белков, найденных поиском по сходству.
Табл.1 - Характеристики выравниваний
| № |
ID/AC |
Name |
Coverage |
Identity % |
E-value |
Homology |
| 1 |
AFH91095.1 |
Riboflavin biosynthesis protein [Corynebacterium pseudotuberculosis 31] |
100 |
100 |
исходный белок |
|
| 2 |
Q59263.1 |
Riboflavin biosynthesis protein RibF |
96 |
54 |
2е-121 |
+ |
| 3 |
P73651.1 |
Riboflavin biosynthesis protein RibC |
81 |
36 |
8e-55 |
+ |
| 4 |
P0AG42.1 |
Riboflavin biosynthesis protein RibF |
96 |
31 |
1e-48 |
+ |
| 5 |
Q7NBZ0.1 |
Trifunctional protein RibF/MnmA |
92 |
26 |
1e-20 |
+ |
| 6 |
A4IT50.1 |
Bifunctional riboflavin kinase/FMN phosphatase |
43 |
28 |
3e-15 |
- |
| 7 |
A4QQ05.3 |
Riboflavin kinase |
39 |
28 |
1е-09 |
+ |
| 8 |
A1DG00.1 |
Riboflavin kinase |
39 |
26 |
4e-06 |
+ |
| 9 |
Q58436.1 |
Phosphopantetheine adenylyltransferase |
17 |
27 |
3.0 |
- |
| 10 |
F4IUG9.1 |
Myosin-13 |
18 |
36 |
9.3 |
- |
Рис.1. Фрагмент выравнивания последовательностей белков с отмеченными блоками.
Ссылка на Jalview-проект
Комментарии о гомологичности находок:
* Рассматриваемые белки были найдены с помощью поиска в BLAST (Database – UniProtKB/Swiss-Prot, остальные параметры были оставлены по умолчанию). Возникли небольшие проблемы с поиском белка, имеющего большое E-value, поэтому белок A1DG00.1 (E-value=3.0) был найден за счет введения ограничений - поиск вёлся исключительно среди Archaebacteria.
Я полагаю, что из приведённых белков гомологичны 1, 2, 3, 4, 5 и 7, 8 белки.
- Все перечисленные белки имеют схожие функции.
- Рассмотрим блок 1. Заметим, что первые 5 белков, которые подозреваем в гомологии, практически консервативны (за исключением 179 позиции - здесь наблюдаются значительные изменения). 7 и 8 белок же в данной рамке образуют индель - возможно, на данном отрезке в белках произошла делеция.
- Обратимся к блоку 2. Все позиции функционально консервативны.
- Наконец, рассмотрим блок 3. Наблюдаем схожую ситуацию: все позиции функционально консервативны, за исключением 243 позиции, где произошла замена валина (V) на серин (S) - возможно, результат точечной мутации.
2. Крупные перестройки между парой белков, имеющих гомологичные участки (домены):
Рис.2 Карта локального сходства белков AFH91095.1 (Ox) и A1DG00.1 (Oy)
Комментарии:
- Для исследования были выбраны белки AFH91095.1 (Riboflavin biosynthesis protein) и A1DG00.1 (Riboflavin kinase) из задания 1. Эти белки выполняют схожие функции в организме, однако сравнительно слабо гомологичны, чем и привлекли моё внимание.
- Из приведённой выше карты видно, что белки действительно слабо схожи по строению: ~2/5 аминокислотной последовательности одного белка не имеет общих участков с другим.
- На основе привеённой карты можно также предположить, что в процессе эволюции белка AFH91095.1 произошла дупликация: участок последовательности белка A1DG00.1, стоящий практически в конце (158-171 а.к.о.) повторяется в белке AFH91095.1 дважды - в конце (~290-310 а.к.о) и в начале последовательности (~105-118 а.к.о).
© Kozyulina Svetlana 2017