При построении данных выравниваний программами Tcoffee и Muscle использовались 5 последовательностей белков семейства HSP70 (одной археи, двух бактерий и двух эукариот).
Уже на первой позиции становятся видны различия в двух выравниваниях. Tcoffee присваивает гомологию всем первым метионинам последовательностей, в то время как Muscle избегает длинных инделей внутри последовательностей и такую гомологию не устанавливает.
Существенные различия начинаются с 110-ой позиции, где две программы начинают по-разному ставить индели. Muscle избегает одиночных гэпов и оставляет лишь довольно длинные индели, в то время как в выравнивании, построенном Tcoffee в 109 и 132 позициях мы можем наблюдать нескольких гэпов. Данное отличие сбивает последующие выравнивания друг относительно друга (следующие гомологичные остатки различаются у Muscle и у Tcoffee на 2 позиции).
С 220-ой позиции Tcoffee (218-ой Muscle) выравнивания отличаются примерно так же, как в предыдущем пункте. Muscle снова вставляет индели, избегая одиночных гэпов (а у Tcoffee мы можем заметить 2 гэпа в 221-ой позиции).
Данный белок состоит из двух доменов: домена, относящегося к семейству ФАД-синтазы и рибофлавин-киназы.
Первый домен свойственен лишь бактериям. Вместе с рибофлавин-киназой он вовлечен в процесс трансформации рибофлавина в коферменты флавинмононуклеотид (ФМН) и флавинадениндинуклеотид (ФАД). Конкретно домен семейства ФАД-синтаз аденилирует ФМН до ФАД. Внизу продемонстрирована модель такого домена, связывающего молекулы рибофлавина.
Второй домен также участвует в процессе преобразования рибофлавина путем трансформации его в ФМН за счет использования энергии АТФ. Ниже представлена его кристаллическая структура.
В белке I0Z1F9_COCSC помимо рибофлавин-киназы присутствует также домен метилтрансферазы, катализирующий процессы метилирования (прибавления к молекуле групп CH3) (что именно метилирует конкретно этот домен понять трудно, так как pfam не выдал какой-либо конкретной информации, обычно мишенью становятся азотистые основания ДНК или а.к.о. белков).
У N2AXK2_9CLOT помимо рибофлавин-киназы (красная) присутствует С-концевой регулятор транскрипции (Transcriptional regulatory protein, C terminal). Транскрипция – процесс синтеза РНК с использованием ДНК в качестве матрицы. Видимо, данный домен выполняет функции, связанные с изменением скорости протекания этой реакции (более полной информации Pfam не выдал). Найденная в PubMed статья указывает на то, что этот домен отвечает за репрессию процесса транскрипции (вместе с так называемыми ДНК-связывающими репрессорами транскрипции).