Внутренности белков и макромолекулярных комплексов

JMol апплеты белка и макромолекулярных комплексов

1*. Гидрофобные ядра белка:

В данном апплете я привела три наиболее значимых гидрофобных ядра моего белка. Ядро №2 (core2 – выделено зеленым цветом) состоит из 258 атомов; ядро №8 (голубое) составляют 270 атомов; ядро №13 (core13 – жёлтое) – 266 атомов.
С помощью сервиса CluD было найдено ещё 18 мелких гидрофобных ядер, количество атомов в каждом из них <140, поэтому они для исследования не подошли.

1. Гидрофобные ядра субъединицы β:

Цепь β содержит 1135 атомов. 263 из них входят в состав двух крупных гидрофобных ядер (core2 и core8 - см. выше), что составляет ~23% от числа атомов в цепи. 127 атомов относятся к core2, 136 - составляют core8.

2. Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре:

1. Атомы, окружающие остаток, должны находиться на расстоянии как минимум 5 ангстрем, чтобы практически покрыть его поверхность.
2. Соседние не связанными ковалентно атомы в белке находятся в среднем на расстоянии 4.2 Å друг от друга.
3. Ван-дер-ваальсов радиус атома углерода равен 1.85 Å. Следовательно, расстояние между двумя атомами углерода, не связанными ковалентно, составит примерно 4.2 - 1.85 * 2 = 0.5 Å. Ван-дер-ваальсов радиус атома кислорода, по табличным данным, равен 1.4 Å, что значительно больше 0.5 Å, поэтому даже маленькая молекула воды не сможет поместиться между двумя соседними атомами углерода.

3. Белок в комплексе с ДНК:

• Представленная модель представляет собой комплекс участка ДНК и KLF4 – белка, регулирующего транскрипцию, альтернативный сплайсинг.
• Образуя комплекс с участком ДНК, белки выполняют множество различных функций:
  • Белки, называемые гистонами, упаковывают нити ДНК в ядре, а также участвуют в таких ядерных процессах, как транскрипция, репликация и репарация.
  • ДНК-полимеразы казализируют репликацию ДНК.
  • ДНК-метилтрансферазs присоединяют метильные группы к нуклеиновой кислоте для регулирования процессов считывания с нее информации.
  • ДНК-лигазы, ДНК-хеликазы, ДНК-полимеразы и экзонуклеазы составляют систему репарации, то есть представляют собой механизм, способный исправлять химические повреждения и разрывы в молекулах ДНК.
  • Ещё целый ряд белков следит за работой ядерного аппарата.

  ---

  © Kozyulina Svetlana 2017