В программе JMol была рассмотрена В-форма данного фрагмента ДНК. С помощью этой модели были найдены номера атомов гуанина, смотрящие в сторону большой бороздки (на рисунке выделены красным цветом) и малой бороздки (выделены синим).
| А-форма | В-форма | *Z-форма | |
| Тип спирали | Левая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.0 | 33.8 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.8 | 17.2 | 16.0 |
| Ширина малой бороздки | 8.0 | 11.7 | 7.2 |
В таблице ниже приведены торсионные углы для тРНК (PDB ID: 1N77) и ДНК (PDB ID: 1A02)
| НК | alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi |
| тРНК | -39.36 | 75.74 | 54.64 | 85.22 | -129.68 | -52.72 | -141.47 |
| Наиболее деформированный нуклеотид тРНК | -169.5 | 175.9 | 53.8 | 89.3 | -142.3 | -75.3 | -175.7 |
| ДНК | -35.96 | -2.10 | 22.76 | 150.60 | -65.46 | -110.10 | -96.10 |
| Наиболее деформированный нуклеотид ДНК | 45.3 | -165.5 | -77.8 | 157.7 | -179.2 | -90.8 | -113.2 |
Из полученных данных можно сделать вывод о том, что тРНК по структуре больше всего похожа на А-форму ДНК.
Ниже приведены номера нуклеотидов, образующих стебли во вторичной структуре заданной тРНК.
Stem1
(0.011) ....>D:.501_:[..G]G-----C[..C]:.572_:D<.... (0.008) |
(0.009) ....>D:.502_:[..G]G-*---U[..U]:.571_:D<.... (0.005) |
(0.003) ....>D:.503_:[..C]C-----G[..G]:.570_:D<.... (0.007) |
(0.004) ....>D:.504_:[..C]C-----G[..G]:.569_:D<.... (0.005) |
(0.005) ....>D:.505_:[..C]C-----G[..G]:.568_:D<.... (0.005) |
(0.003) ....>D:.506_:[..C]C-----G[..G]:.567_:D<.... (0.004) |
(0.004) ....>D:.507_:[..A]A-----U[..U]:.566_:D<.... (0.003) |
Stem2
(0.008) ....>C:.510_:[..G]G-----C[..C]:.525_:C<.... (0.006) |
(0.003) ....>C:.511_:[..U]U-----A[..A]:.524_:C<.... (0.005) |
(0.003) ....>C:.512_:[..C]C-----G[..G]:.523_:C<.... (0.004) |
(0.007) ....>C:.513_:[..U]U-*---G[..G]:.522_:C<.... (0.009) |
Stem3
(0.006) ....>C:.538_:[..A]A-**--C[..C]:.532_:C<.... (0.001) |
(0.004) ....>C:.539_:[..G]G-----C[..C]:.531_:C<.... (0.002) |
(0.006) ....>C:.540_:[..G]G-----C[..C]:.530_:C<.... (0.004) |
(0.003) ....>C:.541_:[..C]C-----G[..G]:.529_:C<.... (0.008) |
(0.003) ....>C:.542_:[..C]C-----G[..G]:.528_:C<.... (0.007) |
(0.004) ....>C:.543_:[..G]G-----C[..C]:.527_:C<.... (0.002) |
(0.007) ....>C:.544_:[..A]A-**--G[..G]:.526_:C<.... (0.008) |
Stem4
(0.005) ....>D:.549_:[..G]G-----C[..C]:.565_:D<.... (0.004) |
(0.004) ....>D:.550_:[..G]G-----C[..C]:.564_:D<.... (0.002) |
(0.004) ....>D:.551_:[..G]G-----C[..C]:.563_:D<.... (0.004) |
(0.003) ....>D:.552_:[..G]G-----C[..C]:.562_:D<.... (0.005) |
(0.006) ....>D:.553_:[..G]G-----C[..C]:.561_:D<.... (0.003) |
Неканонические пары оснований в структуре тРНК:
(0.005) ....>C:.502_:[..G]G-*---U[..U]:.571_:C<.... (0.008) |
(0.005) ....>D:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:D<.... (0.002) x
(0.005) ....>D:.538_:[..A]A-**--C[..C]:.532_:D<.... (0.002) |
(0.007) ....>C:.544_:[..A]A-**--G[..G]:.526_:C<.... (0.008) |
(0.007) ....>C:.513_:[..U]U-*---G[..G]:.522_:C<.... (0.009) |
(0.024) ....>C:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:C<.... (0.013) x
Участок, не принимающий участия в формировании стебля, но выполняющий функцию стабилизации третичной структуры тРНК:
(0.007) ....>D:.508_:[..U]U-**--A[..A]:.546_:D<.... (0.013) |
(0.006) ....>D:.514_:[..A]A-**--A[..A]:.521_:D<.... (0.005) |
(0.024) ....>D:.515_:[..G]G-**+-C[..C]:.548_:D<.... (0.004) x
(0.006) ....>D:.519_:[..G]G-----C[..C]:.556_:D<.... (0.003) +
(0.002) ....>D:.554_:[..U]U-**--A[..A]:.558_:D<.... (0.008) |
(0.005) ....>D:.555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518_:D<.... (0.002) x