Комплексы ДНК-белок

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

С помощью программы einverted пакета EMBOSS были найдены гомологичные участки тРНК (PDB ID = 1N77).

При этом были изменены некоторые параметры работы программы:

Gap penalty [12]: 0
Minimum score threshold [50]: 10
Match score [3]:
Mismatch score [-4]:

В результате работы программы была получена следующая последовательность:

Fig.1 output file sequence.inv

Fig.1 output file sequence.fasta

Структура тРНК, предсказанная с помощью программы RNAfold из пакета Viena Rna Package (реализует алгоритм Зукера):

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1N77.pdb

Участок структуры	Предсказание с помощью find_pair	Предсказание с помощью einverted	Предсказание по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	7 пар 5'-501-507-3' 5'-566-572-3'	4 пары	7 пар
D-стебель	4 пары 5'-510-513-3' 5'-522-525-3'	2 пары	5 пар
Антикодоновый стебель	7 пар 5'- 526-532-3' 5'-538-544-3'	3 пары	5 пар
T-стебель	5 пар 5'-549-553-3' 5'-561-565-3'	0 пар	5 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	23 пары	23 пары	22 пары

Скрипт, в котором заданы:

• множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1)
• множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2)
• множество атомов азота в азотистых основаниях (set3)

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Контакты разного типа в комплексе 1A02.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	0	6	6
остатками фосфорной кислоты	8	11	19
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	5	14	19
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0
Итог:	13	31	44

Задание 3. Схема ДНК-белковых контактов

Ниже приведена популярная схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью программы nucplot

Задание 4. Анализ контактов.

A) Наибольшее количество связей c ДНК - у Arg421. Этот аргинин образует 2 водородные связи с гуанином.
Наглядная схема образованных контактов:

В) Наиболее важными для распознавания последовательности ДНК являются аминокислотные остатки, образующие связи непосредственно с азотичтыми основаниями. В качестве примера можно привести тот же аргинин 421, упомянутый выше.