Чтение последовательностей по Сэнгеру

1. Прочитать последовательность ДНК на основании данных, полученных из капиллярного секвенатора по Сэнгеру. Составить отчёт о проблемах при чтении хроматограмм

Последовательности в fasta формате с исправленными проблемными нуклеиотидами и полиморфизмами.
JalView-проект с выравниванием прямого и обратного прочтений. Участки с проблемными нуклеотидами выделены красными рамками.

Обоснование для нескольких проблемных нуклеотидов и полиморфизмов:
534й нуклеотид в верхней последовательности я определила как гуанин, так как пик гуанина значительно выше остальных. К тому же, в нижней последовательности на этом участке явно выделяется гуанин, и посторонние пики практически отстутствуют.

На 549 позиции нижней последовательности я решила поставить g, так как в верхней хроматограмме довольно однозначно определяется гуанин.

Нуклеотид на 620й позиции в нижней последовательности я обозначила с, так как в верхней хроматограмме однозначно определен цитозин. К тому же, и в самой нижней хроматограмме пик цитозина заметно выше остальных.

Приведённую позицию я в обеих последовательностях обозначила g, так как и в верхней, и в нижней хроматограмме преобладает пик гуанина.

**Обоснование для нескольких проблемных нуклеотидов и полиморфизмов:**
	534й нуклеотид в верхней последовательности я определила как гуанин, так как пик гуанина значительно выше остальных. К тому же, в нижней последовательности на этом участке явно выделяется гуанин, и посторонние пики практически отстутствуют.
	На 549 позиции нижней последовательности я решила поставить g, так как в верхней хроматограмме довольно однозначно определяется гуанин.
	Нуклеотид на 620й позиции в нижней последовательности я обозначила с, так как в верхней хроматограмме однозначно определен цитозин. К тому же, и в самой нижней хроматограмме пик цитозина заметно выше остальных.
	Приведённую позицию я в обеих последовательностях обозначила g, так как и в верхней, и в нижней хроматограмме преобладает пик гуанина.

Общая характеристика хроматограммы:

Длины нечитаемых участков в начале составили 27 нуклеотидов при прямом прочтении и 66 - при обратном. В концах последовательностей длины таких участков составили 42 при прямом и 20 приобратном прочтении.
В среднем сила сигнала превышает шум в 8 раз.
На всём протяжении обоих прочтений шум имеет сравнительно малы, в то время как пики, обозначающие сигнал, имеют заметный разброс по высоте.

Исходные файлы в .ab1 формате:
Прямое прочтение
Обратное прочтение

2. Приведите пример нечитаемого фрагмента хроматограммы.

Ниже приведён фрагмент нечитаемой хроматограммы.

Видно, что пики часто пересекаются и накладываются друг на друга, поэтому определить по ним искомую последовательность невозможно. Возможно, в анализируемом образце было несколько различных ДНК, так как можно заметить, что на некоторых позициях разные пики практически совпадают по высоте.