EMBOSS.

1. Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл.

Команда: seqret "*.fasta" crash.fasta
Input: PBP26806.fasta, PNX93062.fasta
Output: crash.fasta

2. Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы.

Команда: seqretsplit code.fasta
Input: code.fasta
Output: abn11917.1.fasta, np_001036919.1.fasta, pnx93062.1.fasta, pbp26806.1.fasta

4. Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле.

Команда: transeq multinucl.fasta trans.fasta -table 0
Input: multinucl.fasta
Output: trans.fasta

5. Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках.

Команда: transeq nucl.fasta 6frames.fasta -frame 6 -table 0
Input: nucl.fasta
Output: 6frames.fasta

6. Перевести выравнивание из fasta формата в формат .msf.

Команда: seqret align.fasta msf::align.msf
Input: align.fasta
Output: align.msf

7. Выдать в файл число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имя последовательности и число).

Команда: infoalign align.fasta -refseq 2 -only -name –idcount -outfile sim.out
Input: align.fasta
Output: sim.out

8. (featcopy) Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff.

Команда: featcopy seq.gb seq.gff
Input: seq.gb
Output: seq.gff

10. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.

Команда: shuffleseq nucl.fasta shuffle.fasta
Input: nucl.fasta
Output: shuffle.fasta

16. Постройте локальное множественное выравнивание трех нуклеотидных последовательностей.

Команда: edialign three.fasta align.edialign loc_mult.fasta
Input: three.fasta
Output: loc_mult.fasta

19. Создайте три случайных нуклеотидных последовательностей длины сто.

Команда: makenucseq -amount 3 -length 100
Output: makeseq.fasta