Филогенетическое дерево.

Для построения филогенетического дерева были выбраны следующие протеобактерии:

Название Мнемоника
Agrobacterium tumefaciens AGRRK
Burkholderia cenocepacia BURCA
Ralstonia solanacearum RALSO
Salmonella typhimurium SALTY
Yersinia pestis YERPE
Vibrio fischeri VIBFM
Haemophilus influenzae HAEIN
Pasteurella multocida PASMU

Затем с помощью программы MEGA было построено дерево по образцу, приведенному в тексте задания. Скобочная формула полученного дерева: 

 (((((RASMU, HAEIN),(SALTY,YERPE)),VIBFM),(RALSO,BURCA)),AGRRK);

Изображение дерева:

У филогенетических деревьев выделяют 2 типа ветвей: тривиальные и нетривиальные. Тривиальные отделяют один лист от других, т.е. хотя бы с одной стороны несут одиночный лист, в то время как нетривиальные с каждой стороны имеют несколько листьев.

Список нетривиальных ветвей дерева:

  1. {RALSO, BURCA} vs {AGRRK, VIBFM, YERPE, SALTY, HAEIN, PASMU} – отделяет бетапротеобактерий от остальных классов;
  2. {AGRRK, BURCA, RALSO} vs {VIBFM, YERPE, SALTY, HAEIN, PASMU} – отделяет гаммапротеобактерий от остальных классов;
  3. {AGRRK, BURCA, RALSO, VIBFM} vs {YERPE, SALTY, HAEIN, PASMU};
  4. {YERPE, SALTY} vs {AGRRK, BURCA, RALSO, VIBFM, HAEIN, PASMU} – отделяет бактерий порядка Enterobacterales от остальных бактерий;
  5. {HAEIN, PASMU} vs {AGRRK, BURCA, RALSO, VIBFM, YERPE, SALTY} – отделяет бактерий порядка Pasteurellales от остальных бактерий.

Практикум 2. Реконструкция филогении.

Таксономическая принадлежность выбранных протеобактерий (источник - NCBI Taxonomy):

Мнемоника Класс Порядок Семейство Род Вид
PASMU Gammaproteobacteria Pasteurellales Pasteurellaceae Pasteurella Pasteurella multocida
HAEIN Gammaproteobacteria Pasteurellales Pasteurellaceae Haemophilus Haemophilus influenzae
SALTY Gammaproteobacteria Enterobacterales Enterobacteriaceae Salmonella Salmonella typhimurium
YERPE Gammaproteobacteria Enterobacterales Yersiniaceae Yersinia Yersinia pestis
VIBFM Gammaproteobacteria Vibrionales Vibrionaceae Aliivibrio Vibrio fischeri
RALSO Betaproteobacteria Burkholderiales Burkholderiaceae Ralstonia Ralstonia solanacearum
BURCA Betaproteobacteria Burkholderiales Burkholderiaceae Burkholderia Burkholderia cenocepacia
AGRRK Alphaproteobacteria Rhizobiales Rhizobiaceae Agrobacterium Agrobacterium tumefaciens

© Svetlana Kozyulina 2018