Геномное окружение. База данных GO.

1. Получение информации о КОГе, к которому относится мой белок.

В ходе данного практикума я работала с белком, закреплённым за мной в 1м семестре - Riboflavin biosynthesis protein [Corynebacterium pseudotuberculosis 31] (АС: AFH91095.1).

Для начала в окно сервиса CDD была введена fasta-последовательность белка. Затем в окне результатов в поле (верхний правый угол) View -> Full Results.


Fig.1 Результаты поиска.

На странице появился список хитов, среди которых - искомый КОГ.

Информация о КОГе:

  • ID: COG0196
  • E-value для отнесения белка к данному КОГу: 2.52e-104
  • В белке КОГ обнаруживается с 9 по 325 а.к.о., длина всего белка - 332 а.к.о.
  • Название КОГа: FAD synthase, функц.категория Н = Coenzyme transport and metabolism
  • Иными словами: белок - ФАД-синтаза, функц.категория - транспорт и метаболизм коферментов.

2. Визуализация геномного окружения

В COGNAT был запущен поиск геномного окружения данного КОГа с параметрами: Neighborhood Size (количество белков в окружении) - 7, Occurrence Threshold (пороговая встречаемость) в 20% организмов и больше, Taxonomy (отображение таксона) - ДА.


Fig.2 Геномное окружение КОГа у Actinobacteria


Fig.3 Геномное окружение КОГа у Firmicutes


Fig.4 Геномное окружение КОГа у Proteobacteria

Геномное окружение рассматриваемого КОГа довольно консервативно в рамках таксонов. Так, к примеру, в типах Actinobacteria и Firmicutes могут выступать в качестве соседей COG0130, COG0858 и COG0184 (Fig.2,3). В типе Proteobacteria встречаются только КОГи COG0060 и COG0597 (Fig.4).
Все они (кроме COG0597), как минимум, локализованы вблизи рибосомы.

3. Отнесение белка Riboflavin biosynthesis protein из Corynebacterium pseudotuberculosis 31 к терминам GO.

С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST был найден белок, наиболее похожий на исходный.

Его сходство, правда, всё равно оказалось невелико.

  • P-value = 2.8e-73
  • Identities = 151/326 (46%)
  • Positives = 209/326 (64%)
  • Гэпы распределены по выравниванию равномерно
  • Организмы, которым принадлежат данные белки, совпадают по таксономии лишь до порядка - Corynebacteriales

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot O33328 (O33328_MYCTO)
Аспект Идентификатор
GO		 Название
термина		 Перевод
названия термина		 Код типа
достоверности
Биологический процесс
(biological process)		 GO:0040007 growth рост
(увеличение в рамерах и массе организма целиком, части организма или клетки)		 IMP

Таблица 2. Описание кода достоверности, использованного в Таблице 1
Код типа
достоверности		 Расшифровка кода
типа достоверности		 Объяснение
IMP Inferred from Mutant Phenotype
  1. Код IMP присваивается, когда заключение о функции, выполняемом процессе или клеточной локализации продукта гена сделан, основываясь на различии в функции, процессе или клеточной локализации между двумя аллелями соответствующего гена.

  2. Также при трансфекции и других экспериментов, когда ген из одного организма или ткани выделяется из нормальной среды, применяется код IMP, если сравниваются сами аллели, а не профили экспрессии (для них используют код IDA).

© Svetlana Kozyulina 2018