Трансмембранные белки.

1. База данных OPM.

**5ctg » Bidirectional sugar transporter SWEET2b**
Толщина гидрофобной части белка в мембране	33.0 Å
Координаты трансмембранных спиралей	A - Tilt: 5° - Segments: 1( 7- 28), 2( 46- 63), 3( 71- 92), 4( 102- 125), 5( 131- 155), 6( 168- 188), 7( 191- 213) B - Tilt: 8° - Segments: 1( 8- 29), 2( 46- 63), 3( 71- 93), 4( 102- 125), 5( 131- 155), 6( 168- 188), 7( 191- 213) C - Tilt: 5° - Segments: 1( 7- 28), 2( 46- 63), 3( 71- 90), 4( 103- 125), 5( 131- 155), 6( 168- 188), 7( 191- 213)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали белка	21
Мембрана, где находится белок	плазматическая мембрана эукариотической клетки

Fig.1 Белок Bidirectional sugar transporter SWEET2b.
Это белок, участвующий в транспорте глюкозы у Oryza sativa (Рис). Также ген, кодирующий этот белок, используют некоторые патогенные бактерии, связываясь с промотором и усиливая его экспрессию для собственного питания. [источник: Pfam]

**4bum » VDAC-2 channel**
Толщина гидрофобной части белка в мембране	23.4 Å
Координаты трансмембранных спиралей	X - Tilt: 4° - Segments: 1( 14- 21), 2( 28- 33), 3( 40- 46), 4( 55- 62), 5( 70- 74), 6( 81- 87), 7( 95- 102), 8( 111- 119), 9( 123- 130), 10( 137- 145), 11( 149- 156), 12( 166- 173), 13( 180- 184), 14( 191- 197), 15( 204- 209), 16( 218- 226), 17( 243- 249), 18( 257- 263), 19( 274- 281)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали белка	6
Мембрана, где находится белок	внешняя митохондриальная мембрана

Fig.2 Белок VDAC-2 channel играет роль поры для диффузного обмена мелкими гидрофильными молекулами между митохондрией и цитозолем. [источник: Pfam]

2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Данный белок состоит из 3 идентичных цепей, поэтому ниже будут рассмотрены предсказания только для одной из цепей.

TMHMM Phobius

Как читать графики
TMHMM Phobius

ось Ох - № аминокислот в последовательности белка

ось Оу - вероятность нахождения трансмембранной спирали

красные линии - трансмембранные участки

синие линии - участки белка, выходящие в цитоплазму

малиновые линии - участки белка, выходящие наружу от цитоплазмы

ось Ох - № аминокислот в последовательности белка
ось Оу - вероятность нахождения трансмембранной спирали

серые линии - трансмембранные участки

зеленые линии - участки, выходящие в цитоплазму

синие линии - участки, находящиеся не в цитоплазме

красные линии - сигнальная последовательность (в данном белке таких участков не нашлось)

Выдача обеих программ сопадает и по количеству спиралей, и по координатам их трансмембранных участков. Лишних, как и пропущенных, предсказаний нет, результаты обоих алгоритмов полностью соответствуют реальной структурной информации из БД ОРМ.

3. База данных TCDB

TCDB (Transporter Classification Database) содержит информацию о трансмембранныз белках.

Из 2х белков задания 1 информация в TCDB существует только для белка SWEET2b sugar transporter

TC-код: 2.A.123.1.18

2. - белки-транспортеры, действующие за счёт электрохимического потенциала
2.A. - белки-портеры (унипортеры, симпортеры, антипортеры)
2.A.123. - белки семейства SWEET