Описание активного центра
1. Катализируемая реакция
Данная структура имеет ЕС номер 3.4.22.28 и относится к классу гидролаз, а имеено к протеазам. Согласно информации из базы данных EXPAZY фермент производит избирательное расщепление связи Gln-|-Gly в полипротеине вируса.
2. Активный центр
В состав активного центра данного фермента входит 3 аминокислоты: HIS-43, GLU-74, CYS-150
Рисунок 1. Активный центр в общей картине белка
2. Взаимодействия внутри каталитического центра
2. Взаимодействия внутри каталитического центра
Между аминокислотными остатками самого каталитического центра проиходит образование солевого мостика между остатками гистидина и глутамата.
Рисунок 2. Элетростатические взаимодействия между аминокислотами активного центра
3. Взаимодествия вокруг каталитического центра
3. Взаимодествия вокруг каталитического центра
Аминокислоты активного центра образуют водородные связи с аминокислотами окружения.
Рисунок 3. Водородная связь с окружением активного центра
Кроме того, остаток гистидина образует пи-стекинг с близлежащей ароматической аминокислотой белка.
Рисунок 4. Взаимодействия ароматических аминокислот
4. Связывание с ингибитором
4. Связывание с ингибитором
Ингибитор связывается с ферментом непосредственно в активном центре. Ароматическая система ингибитора вступает во взаимодействие с таковой в остатке гистидина активного центра.
Рисунок 5. Стекинг взаимодействие с ингибитором
На основании связывания ингибитора в самом активном центре можно преположить конкурентное ингибирование данного фермента.